Klubben spilte i 1. divisjon i 1999, hvor de rykket ned på overtid i siste serierunde 17. oktober 1999. I siste serierunde måtte Lofoten vinne borte mot Sogndal, samt at Byåsen og Skjetten måtte spille uavgjort for at Lofoten ikke skulle rykke ned. Laget slo Sogndal 0–2, og i kampen mellom Byåsen og Skjetten sto det 1–1 etter 90 minutter. Men på overtid scoret Jens Petter Stang for Byåsen og Lofoten rykket ned.
Målet for 2000 sesongen var å rykke rett opp i 1. divisjon igjen. Lofoten hadde en god sesong og vant 2. divisjon, avdeling 8. Kvalifiseringskampene for opprykk gikk derimot dårlig. Lofoten tapte 5–0 borte mot Mandalskameratene i første kvalifiseringskamp og var sjanseløse allerede før siste kvalifiseringskamp.
Sesongen etter ble divisjonssystemet endret og 2. divisjon redusert til fire avdelinger hvor vinneren rykket direkte opp. Lofoten var i toppkampen flere år på rad, men klarte aldri å vinne serien igjen. På grunn av dårlig økonomi og manglende resultater mistet klubben flere av sine viktigste spillere. Lofoten 2 som spilte i 3. divisjon ble lagt ned og spillerne som fikk lite spilletid på førstelaget fikk derfor enda mindre kamptrening. Summen av disse tingene førte til at Lofoten rykket ned til 3. divisjon i 2005.
I 2007 rykket klubben opp til 2. divisjon etter å ha vunnet 3. divisjon avdeling 22. Lofoten spilte to kvalifiseringskamper mot Innstranden, vinneren av 3. divisjon avdeling 21. 20. oktober 2007 ble det klart at Lofoten spiller 2. divisjonsfotball i 2008, etter å ha slått Innstranden 4–3 over to kamper.
Lofoten nådde 2. runde i Cupen i 2007 etter å ha vunnet kvalifiseringen mot Grovfjord. De slo 2.-divisjonslaget Mjølner i 1. runde, og holdt 1.-divisjonslaget, og lokale storebror, Bodø/Glimt til ekstraomganger i 2. runde. Lofoten tapte 1–3 på Stranda stadion etter ekstraomganger.
I 2008 kom FK Lofoten på 14.- og sisteplass i 2. divisjon avd. 4, og rykket dermed ned til 3. divisjon foran 2009-sesongen.
2014 sesongen for FK Lofoten ble en gedingen nedtur. Klubben vant bare 6 kamper, og rykket ned til 4. divisjon. Dermed blir det spekulert om FK Lofoten skal legges ned. Fordi samarbeidsklubben Kablevåg spiller i samme divisjon.
