Stig Johansen fikk sitt gjennombrudd i Tippeligaen med Bodø/Glimt i 1995 etter å ha blitt kjøpt fra FK Lofoten. Han ble toppscorer med 19 mål i sin første sesong, og tok Glimt til bronse i serien. Han ble toppscorer i de to påfølgende sesongene med henholdsvis 13 og 12 mål. Etter flere gode sesonger hos Glimt ble han solgt til Premier League klubben Southampton i 1997. Han ble dermed den første proffspilleren i England solgt direkte fra Bodø/Glimt.
Johansen ble etter en tid utlånt til Bristol City FC og gikk deretter til svenske Helsingborg, som ble ledet av Åge Hareide. Under Hareide ble laget seriemester i Allsvenskan i 1999. Året etter spilte Helsinborg og Johansen i Mesterligaen, men ble slått ut i gruppespillet. I 2002 returnerte Johansen til Glimt. Han var kaptein for Bodø/Glimt i 2003 og ledet laget til sølv i serie og cup. Han scoret Glimts ledermål i cupfinalen, men laget tapte 3-1 mot Rosenborg etter ekstraomganger. I 2006/2007-sesongen var Johansen plaget av flere skadeavbrekk. Under Glimt-spiss Thiago Martins skadeavbrekk spilte Johansen flere kamper på topp for Glimt og utmerket seg med to scoringer mot Molde hjemme på Aspmyra. I sesongen 2009 var han toppscorer i Glimt med 8 mål.
I 2009 fikk han ikke ny kontrakt med Glimt, men gjorde comeback i 2011 og gikk inn i rollen som spillende spillerutvikler.
Den 31. august 2014 spilte Johansen sin siste fotballkamp, og det for moderklubben Kabelvåg, samtidig som det var offisiell åpning av den nye kunstgressbanen i Kabelvåg.
