Selskapet ble etablert i Johannisthal i Berlin som Fokker Aeroplanbau22. februar1912. Senere ble bedriften flyttet til Schwerin. De tyske myndighetene tvang Fokker til å jobbe med flykonstruktøren Hugo Junkers. Sammen utviklet de en rekke kjente fly for den tyske hæren, deriblant Fokker E.III, Fokker Dr.I og Fokker D.VII. Fokker ble også kjent for å ha utviklet synkroniserende gir som gjorde at man kunne avfyre maskingevær uten å treffe flyets propell.
Etter første verdenskrig flyttet Fokker tilbake til Nederland hvor han 21. juli1919 etablerte Nederlandse Vliegtuigenfabriek.