I april 1917 introduserte Royal Naval Air Service (RNAS) Sopwith Triplane. Flyets debut var sensasjonell og det viste seg helt ovelegent de tyske Albatros og Halberstadt speiderfly. Det kom snart anmodninger fra tyske jagerflygere om en tre-dekker. Majoriteten av tyske fly var produsert av blant annet Pfalz, AEG, DFW, Schütte-Lanz og Euler som svarte med å bygge tre-dekkere. De tyske produsentene hadde ikke særlig hell, med unntak av konstruksjonen til Reinhold Platz – «Pfalz Dr. I», som Fokker hadde produsert. Etter en type-test ble produksjonen satt i gang i oktober 1917. Produksjonsserien fikk betegnelsen Fokker Dr.I.
De to første som ble bygget ble tildelt jageressene Werner Voss og Manfred von Richthofen i august1917 ved Marke i Belgia. Begge tok dem i bruk i luftkamp med stort hell og merket seg flyets enestående stignings- og manøvreringsevne. Et av flyene ble skutt ned mens det ble fløyet av Kurt Wolff den 15. september og et annet fløyet av Werner Voss den 23. september.
Tre-dekkeren hadde også sine svakheter. Det var betydelig langsommere enn motstandernes fly, også langsommere enn det tyske Albatros og Pfalz speiderfly som det var ment å erstatte.
På grunn av den lave kompresjonen i den roterende Oberursal-motoren, sank flyets ytelser dramatisk i høyere luftlag, og etter hvert som krigen skred frem gjorde mangel på castorolje at det ble mer problematisk å operere motoren med tysk erstatningsolje, noe som førte til mange motorhavarier.
Videre var tre-dekkeren vrien å lande, noe som bekreftes ved at det ble montert tre-ski (skids) ytterst på nedre vingetipp. Cockpiten var trang og flygeren satt nær geværkolben, noe som ofte førte til alvorlige hodeskader i tilfeller av crash-landing.
Sent i oktober 1917 ble løytnant Heinrich Gontermann og Günther Pastor drept da Dr.I-flyene de fløy brøt sammen i luften. Inspeksjon av de havarerte flyene viste ekstremt dårlig arbeide på flyfabrikken, spesielt av vingene. Inspeksjon av andre tre-dekkere viste at fuktighet hadde ført til at vingeribbene smuldret opp. Tre-dekkerne ble omgående satt på bakken.
Forbedret kvalitetskontroll under produksjonen – spesielt bedre beskyttelse av vinger, spanter og ribber mot fuktighet; løste i stor grad til reduksjon av problemet og de eksisterende tre-dekkerne ble reparert for Fokkers regning. Likevel var ribbebrudd, spesielt på øvre vinge, fortsatt et problem da flyene igjen ble tatt i bruk, og flyet ble aldri helt akseptert av flygerne. I 1929 fant en undersøkelseskommisjon nedsatt av National Advisory Committee for Aeronautics (NACA) ut at den øvre vingen var utsatt for en uforholdsmessig større belastning enn de lavere vingene. Ved høye hastigheter kunne belastningen bli 2,55 ganger større.
Problemet med tre-dekkeren ødela mulighetene for større ordrer, og produksjonen opphørte helt i mai 1918. Da var det bare produsert 320 eksemplarer. Da Fokkers nye Fokker D.VII ble tatt i bruk ble gjenværende tre-dekkere tatt ut av tjeneste ved fronten og sendt inn i landet og brukt som treningsfly. Ingen genuin tre-dekker eksisterer i dag.
En av de gjenværende tre-dekkere ble gitt til det tekniske museum i Berlin. Her ble det malt som von Richthofens fly og var ett av museets attraksjoner. Under et bomberaid mot Berlin den 23.–24. november1943 ble museet bombet av RAF og tre-dekkeren gikk tapt. Sammen med tre-dekkeren gikk også et Dornier Do X tapt.
