Ved Krimkrigens utbrudd forordnet Bunsen en politikk som skulle ha knyttet Preussen til vestmaktene, et råd, som allikevel ikke ble fulgt av den prøyssiske regjeringen og som foranlediget at Bunsen avgikk i april 1854. Seinere bosatte seg Bunsen i Tyskland, og var fra 1858 medlem av Preußisches Herrenhaus (friherre).[10]
Under sitt opphold i Roma arbeidet Bunsen for grunnleggelse av Deutsches Archäologisches Institut.[10] Han forfattet også en mengde vitenskapelige arbeider blant annet Beschreibung der Stadt Rom (tre bind, 1830-43), Die Basiliken des christlichen Rom (1843). Bunsen ga også ut Die Zeichen der Zeit (to bind, 1855) og Aegyptens Stelle in der Weltgeschichte (fem bind, 1845-57).
Hans brevveksling med Fredrik Wilhelm IV er utgitt av Leopold von Ranke (1873) og Briefe an Bunsen von römischen Kardinalen u.s.w. 1818-1837 av F.H. Reusch (1897).
^abcReinhold Pauli. «Bunsen, Christian Karl Josias Freiherr v». Allgemeine Deutsche Biographie,utgitt av Bayerischen Akademie der Wissenschaften, bind 3 (1876), s. 541–552. Besøkt 5. desember 2015.