De basiliek werd in de veertiende eeuw gebouwd door de augustijnen die, tot dan toe kerkend in de San Trifone in Posterula graag een eigen kerk nabij hun klooster wilden hebben, die bovendien gewijd zou zijn aan hun heilige stichter. De basiliek werd gebouwd naar een ontwerp van de architectenSebastiano Fiorentino en Giacomo Pietrasanta en werd gebouwd tussen 1479 en 1483. Een deel van de façade werd opgebouwd uit travertijn afkomstig uit het Colosseum. In de achttiende eeuw onderging het gebouw een grondige renovatie, waarbij ook het convent, ten westen van de basiliek gelegen, werd gemoderniseerd.
Relieken en kunstwerken
De kerk bezit de grootste collectie relieken van de heilige Monica, de moeder van Augustinus. Deze relieken worden bewaard in een sarcofaag, ontworpen door Iasai di Pisa. De relieken werden in 1455 vanuit Ostia, waar de heilige in 387 overleed, overgebracht naar de basiliek.