De kerk vindt haar oorsprong in een klooster in de Romeinse wijk Trastevere. Sint Franciscus was enige tijd in het (latere franciscaner) klooster te gast tijdens een van zijn reizen naar Rome. Na zijn dood in 1226 stond paus Gregorius IX toe dat zijn broeders er een eerste klooster vestigden. De hospitaalkapel San Biagio de Curte werd in 1229 verbouwd tot kloosterkerk. Eind zeventiende eeuw werd de kerk nogmaals herbouwd en gewijd aan de heilige, waarbij Ripa ("oever") duidt op de nabijgelegen rivier Tiber.
In de kerk bevindt zich ook een zwarte steen die Sint Franciscus als hoofdkussen zou hebben gebruikt en een sinaasappelboom die hij geplant zou hebben. Voorts is er een kopie te zien van een portret van Sint Franciscus dat door de monnik Margaritone d'Arezzo zou zijn gemaakt en waarvan het origineel zich bevindt in de Vaticaanse Pinacotheek in de Vaticaanse Musea.
Op het plein voor de kerk staat een Ionische zuil, afkomstig uit de ruïnes van Veii, die daar in 1847 op last van paus Pius IX werd geplaatst. De paus verontschuldigde zich bij de franciscaner paters voor de geringe afmetingen van de zuil met de woorden: Een kleine zuil voor een klein plein.[1]