In de seizoenen 2003/04 en 2004/05 promoveerde de club twee keer achter elkaar, van de vierde divisie naar de tweede in het Engelse voetbal. Drie seizoenen later werd Hull City derde in die Championship. In de finale van de play-offs speelde het op Wembley tegen Bristol City dat met 1-0 verslagen werd. Hiermee plaatste de club zich voor de allereerste keer voor de Premier League. Hull was de grootste Engelse stad waarvan nog nooit een ploeg in de hoogste klasse gespeeld had.
Het begon zijn Premier League geschiedenis met een 2-1 overwinning op Fulham. Hull begon de competitie voortvarend en werd gezien als een grote verrassing. Onder andere Newcastle United, Arsenal en Tottenham Hotspur werden verslagen. De club bivakkeerde zelfs enkele weken op de derde plaats. Maar na negen speelrondes werd er nog maar twee keer gewonnen en uiteindelijk bleef het ternauwernood bespaard van degradatie. In de FA Cup werd het in de kwartfinales uitgeschakeld.
Na de eerste speelronde kwam Hull in 2009/2010 niet hoger dan drie keer het weekeinde afsluiten als nummer veertien. Vrijwel het hele seizoen vocht Hull tegen degradatie maar dit kon niet worden afgewend. Met een uiteindelijke negentiende plaats degradeert het naar de Championship. Ondertussen werd Phil Brown in het voorjaar al ontslagen.
In het eerste seizoen na de degradatie kwam Hull niet verder dan een plek in de middenmoot. In de beginmaanden kwam het zelfs op een degradatieplaats te staan, maar in de tweede seizoenshelft herpakten zij zich en eindigden elfde.
In 2011/2012 wist Hull zich met een achtste plek niet te plaatsen voor de play-offs. Halverwege de competitie vertrok trainer Nigel Pearson naar Leicester City.
In 2013 wist Hull met een tweede plaats beslag te leggen op een Premier League-ticket. In een spannende laatste fase van de competitie gaven zij Watford nog de kans langszij te komen door de laatste vier wedstrijden niet te winnen, desondanks lukte het Watford niet Hull in te halen. Trainer van de selectie was Steve Bruce.
Voor het eerst sinds 2010 speelt Hull zijn wedstrijden weer in de Premier League en bivakkeert het vrijwel het gehele seizoen in de middenmoot om uiteindelijk iets daaronder te eindigen. Het eindigt uiteindelijk met vier punten voorsprong op degradant Norwich City op de zestiende plaats. Ondertussen bereikte Hull voor het eerst een finale van een groot toernooi. Ze kwamen onderweg in Sunderland slechts een club uit het hoogste niveau tegen en bereikte na een overwinning in de halve finale op Sheffield Wednesday de finale van de FA Cup. Hierin was Arsenal na verlenging te sterk voor de ploeg van Steve Bruce, maar desondanks plaatste het zich voor het eerst in de lange geschiedenis voor Europees voetbal. Dit omdat Arsenal zich via de competitie al verzekerd had van Champions League voetbal.
Het nieuwe seizoen begon Hull met de Europese campagne waarin het eerst het Slowaakse AS Trenčín uitschakelde. Vervolgens vloog Hull er in de laatste voorronde uit doordat het Belgische Lokeren meer uitdoelpunten maakte. Hull begon de competitie goed met een overwinning maar daarna een zeer moeizame periode. In zeventien wedstrijden die volgden werd er één keer gewonnen. Drie speelronden voor het einde belandde het op een degradatieplaats waar het niet meer van af geraakte. Zodoende speelde Hull vanaf 2015 weer op het tweede niveau. Het lukte Hull hierin in 2015/16 niet om bij de eerste twee te eindigen, maar het plaatste het zich met een vierde plek wel voor de play-offs. Daarin werd eerst Derby County verslagen. Uit zegevierde Hull met 0-3, waarna een 0-2 nederlaag thuis niet fataal was. In de finale werd Sheffield Wednesday verslagen middels een doelpunt van Mohamed Diamé. Zodoende promoveerde Hull voor de derde keer in een kleine tien jaar tijd naar de Premier League.
In het seizoen 2016/17 ontsloeg de club op 3 januari2017 trainer Mike Phelan. Hij had sinds de zomer de honneurs waargenomen na het vertrek van Steve Bruce en kreeg in oktober een vaste aanstelling. Phelan kreeg Hull echter niet aan de praat. De club won onder zijn leiding slechts drie keer en bezette halverwege het seizoen de laatste plaats in de tussenstand. Hij werd opgevolgd door de Portugees Marco Silva, die in juni 2016 was opgestapt bij Olympiakos Piraeus nadat de club voor de 43ste keer Grieks kampioen was geworden.
Ook Silva wist de ploeg echter niet te behoeden voor degradatie. Voor Hull City viel het doek op zondag 14 mei2017, toen de ploeg met 4-0 verloor bij Crystal Palace, onder meer door een treffer van de Nederlandse invaller Patrick van Aanholt. Eerder waren Middlesbrough en Sunderland al gedegradeerd naar de Championship. Silva vertrok aan het einde van het seizoen naar Watford en werd opgevolgd door de voormalig bondscoach van Rusland, Leonid Sloetski.
In het seizoen 2019/20 eindigde Hull City als laatste en degradeerde naar de League One, om het seizeon erop als kampioen terug te keren naar de Championship.
.svg){kind=small}
