Владикувал како митимнскимитрополит, па во март 1603 г. е избран за вселенски патријарх.[2] Се зафатил за уредување на многу црковни работи и издал бројни посланија. Судирите со неговиот претходник, Неофит II, предизвикале многу проблеми во црквата. Александрискиот патријархКирил II (Кирил Лукарис) во писмо до ираклискиот митрополит Дионисиј, напишал дела „... Рафаил владееше со Патријаршијата како тиранин повеќе од четри години ...“.
Рафаил пројавувал интерес за повторно обединување со Католичката црква и водел тајни преписки со папата.[3] Останал на престолот до октомври 1607 г., кога бил принудно симнат од султанот Ахмед I и доживеал насилна смрт во прогонство.