Бад Ајлзен се наоѓа помеѓу ридските масиви Харл и Бикеберг, северно од масивот Везер и помеѓу градовите Бикебург, Ринтелн и Обернкирхен. Во југозападниот дел на општината се наоѓа покраинската граница со Северна Рајна-Вестфалија. Бикебургер Ауе тече низ местото.