Во 9 векЦариградската патријаршија ја обновила својата мисија во Македонија преку светите браќа Методиј и Кирил. Со таа цел била и мисијата на Свети Методиј Солунски, кој како цариградски царски намесник, од 845 до 855 година, бил управител во овие краишта. Во Методиевото житие се вели дека заедно со својот брат Свети Кирил, кој го посетил, го проповедале христијанството и по долината на реката Брегалница. Свети Кирил, тогаш покрстил илјадници Македонци, за што зборуваат и народните преданија. Во едно од нив се вели дека Свети Методиј цели десет години им го проповедал на Македонците Словото Божјо по Бела Река, што тече источно од с. Вељуса, минува низ с. Водоча и по долниот тек се вика Водочница, а за Водочкиот Манастир се тврди дека бил расадник на просветата и монаштвото. Со голема веројатност се претпоставува дека во овој манастир, се вршело препишување на црковни книги од грчки на црковнословенски јазик. И дека во овој крај како ученик на Светите Кирил и Методиј Солунски дејствувал и Свети Климент Охридски, кој според преданието и потекнувал од Струмичко. Во еден список на епископи, којшто се однесува на ова време, името Климент е означено како епископ Тивериополски.
За време на владеењето на Цариград (во текот на 11 и 12 век), Струмичката епархија, во рамките на Охридската архиепископија - како и самата архиепископија - била ставена во служба на Цариградската патријаршија. Во тоа време, многу имоти од Струмичко, меѓу кои и манастирската црква во Вељуса, му биле подарени на Светогорскиот манастир Ивирон. Струмичката митрополија била во составот на Охридската архиепископија, сè до нејзиното укинување во 1767 година, за што придонел и митрополитот Ананиј II Струмички, кој во судирот меѓу двете цркви - Охридската и Цариградската, застанал на страната на Цариградската патријаршија.
Понова историја
Кон крајот на 18 и почетокот на 19 век, Струмица истовремено била седиште на кајмакам, на грчки патријаршиски владика, а од 1897 година и на бугарски егзархиски митрополит. Влијанието на Цариградската патријаршија почнало да слабее, наспроти засилената пропаганда и експанзија на Бугарската егзархија, особено по 1897 година, кога во Струмица бил поставен бугарскиот владика Герасим Струмички.
Во почетокот на XX век, Струмица била зафатена од Балканските војни, како и од Првата светска војна. Се судираат македонските, грчките, српските и бугарските интереси. Градот Струмица и некои од селата биле запалени. Бил запален и манастирот во с. Велјуса, чиишто конаци изгореле, а внатрешноста на црквата била делумно оштетена.
Од 1920. до времето на Втората светска војна Струмичката епархија била во составот на Злетовско-струмичка епархија на Српската православна црква. Со возобновувањето на Охридската Архиепископија во лицето на Македонската православна црква во 1958 година, Злетовско-Струмичката епархија повторно влегува во нејзин состав. А со одлуката на САС на МПЦ од 1988 година повторно оформена Струмичката епархија, во чијшто состав подоцна влегоа градовите Радовиш и Валандово.
Најнова историја
Со враќањето на монахот Наум од Григоријатскиот манастир на Света Гора, во август 1995 година, и со неговото востоличување за Струмички Митрополит дошло до возобновување на севкупниот црковен и духовен живот во епархијата. Во последните години од XX век Струмичката епархија станала матичник на возобновеното монаштво во МПЦ.
Во периодот 1998-2002 година од темел биле подигнати околу дваесетина цркви: црквата на Св. Григориј Палама и Св. великомаченик Димитриј во Струмица, монашката црква посветена на Св. Григориј Палама во Водочкиот манастир, параклисната црква во монашкиот конак на Велјушкиот манастир, посветена на св. Апостол Павле и на Св. Григориј Палама, манастирската црква на Св. Климент и Св. Наум Охридски во Хамзали, малата манастирска црква посветена на св. Петка во манастирскиот комплекс во Банско, двете манастирски цркви - на Св. новомаченик цар Николај Романов со семејството и на Св. Григориј Палама и Св. Максим Исповедник - во рамките на манастирскиот комплекс Партениј Зографски во Стар Дојран, манастирската црква посветена на св. великомаченик Георгиј и на Св. новомаченичка Елисавета во с. Три Води, малата црква посветена на св. Трифун и на Св. Григориј Григоријатски којашто му припаѓа на скитот во непосредна близина на Водочкиот манастир, манастирската црква на Преподобна Параскева во близина на Пехчево и други.
Во своите матични манастири, Велјушкиот и Водочкиот, Струмичката епархија развива самостојна, сеопфатна но селективна црковна издавачка дејност. Издадени се над дваесет наслови, од кои: оригинални пастирски текстови и есеи со аскетска тематика, преводи од поуките за молитвата на современите Старци од 20 век, текстови од историјата на исисхазмот, преведени изданија од современата светска теологија, апологетски текстови како одговор на состојбите во јавноста кон возобновеното монаштво итн.
Струмичката епархија е идеен основач и покренувач на списанието „ПРЕМИН”..
Во рамките на Струмичката епархија функционира Дневниот центар за прифат, третман и лекување на болести на зависност „Св. Елисавета” во Струмица. Неговото официјално отворање се случи на 18.02.2005 г. Моментално се работи на формирање на посебни услови за работна рехабилитација и ресоцијализација, со што центарот ќе биде проширен и оспособен за подлготрајно прифаќање и сместување на овие лица.
Цркви и манастири
Денес, во оваа епархија монашки заедници под духовно водство на митрополитот Наум Струмички, се присутни во манастирите[1]: