Според Јулиј Покорни, името Панонија потекнува од Илирискиот јазик, од праииндоевропскиот корен *pen-, со значење „бара, вода, влажно“. Кај најстарите грчки писатели се користи зборот Панонија, но од почеток на вториот век грчките писатели ги мешаат Панонците со Пеонците. Плутарх највереојатно прв ги нарекол Панонците Пеонци, и ако провинцијата ја запишал со нејзиното име Панонија. Кај подоцнежните грчки автори подеднакво се застапени називите Панонија и Пеонија.
Името Панонија останало во употреба многу долго после падот на римската власт во тој регион. Дури и унгарските кралеви од 11 век повремено ја добивале титулата крал на Панонија (Rex Pannoniae) а својата земја ја нарекувале Панонија.
Историја
Предримска Панонија
Најстарите познати жители на Панонија биле Илирите, во втората половина на 4 век п.н.е. во Панонија дошле Келтите, за чие населување во Панонија известува Јустин во 24 Трогова книга. Според Јустин, Келтите откако ги покориле Панонците, воделе разни војни со своите соседи. Археолошките наоди укажуваат дека населувањето на Келтите се случило во северозападна Панонија.
Келтите за првпат воспоставиле своја власт во Панонија за време на нивниот продор на Балканот, според археолошките наоѓалишта келтизација на цела Панонија започнала дури во 3 век после продорот на Балканот. Скордисците ја прошириле својата власт на цела јужна Панонија, а во 179 г п.н.е. македонскиот крал Филип V ги зел за сојузници, бидејќи преку Скордиск водел патот до Јадранското Море.
Првите борби со Панонците ги опишал Полибиј. Римските операции против Панонците укажуваат на панонско-скордиски сојуз односно скордичка власт на Панонците. Во наредните 5 децении, хегемонијата на Скордисците се чувствувала во северениот дел на Балканот. Од 141 г. п.н.е. нивните напади биле насочени кон југ каде од основањето на провинцијата Македонија биле постојани противници на Римјаните. Хегемонијата на Скордисците во северниот дел на Балканот траела до 88 г. п.н.е., кога ги поразил Скипион Азијаген. Скордисците се повлекле до реката Сава.
Малку се знае за Панонија до 35 г. п.н.е., кога нејзините жители, во сојуз со Далматинците биле нападнати од Октавијан Август кој ја зазел и окупирал Сисција. Државата сепак не била целосно поразена од римјаните до 9 г. п.н.е., кога била додадена до римската провинција Илирик, на кое границите биле проширени до реката Дунав.
Римска провинција Панонија
Римјаните не ја освоиле Панонија за кратко време, туку тоа траело повеќе од пола век. Во 35 г. п.н.е. Октавијан тргнал во воен поход, но Римјаните морале под воство на Тибериј повторно да војуваат со Панонците. После второто востание Панонија била организирана како римска провиницја и со тоа добила одредени граници, на исток и север граница бил Дунав, на југ реката Сава, на запад границата не била постојана бидејќи градовите Птуј и Цеље понекогаш биле внатре а понекогаш надвор од границите на Панонија. На север се граничела со Норик и горна Италија, а на југ се граничела со Далмација и Горна Мизија. Во периодот меѓу 102 и 107 г. императорот Трајан ја поделил Панонија на Долна и Горна Панонија. Според Птоломеј границата се протегала меѓу денешниот унгарски град Ѓер и Градишка, а подоцна границата се поместила на исток.
За време на миграцискиот период во 5 век, некои делови во Панонија ги зазеле Хуните.[7] По распаѓањето на Хунското Царство во 454 г., голем број на Остроготи биле населени од царот Маркијан во провинцијата како федерати. Византиското Царство ја контролирала Панонија за поголемиот дел од 6 век, и Панонија постоела како византиска провинција со Сирмиј како главен град, но вклучувало само мал дел од историската Панонија.
Отпосле пак била нападната од Аварите во 560-те години, Словените, кои отпрвин ја населиле Панонија околу 480-те години но станале независни дури во 7 век, и Франките, кои презеле панонски марш кон крајот на 8 век. Називот Панонија исто така бил користен од словенските војводи кои биле вазали на Франките.
Меѓу 5 и 10 век, римјанизираното население на Панонија создало романски панонски јазик, главно околу езерото Балатон кое денеска се наоѓа во западна Унгарија. Овој јазик и културата ги снемало со инвазијата на Маѓарите во Панонија.
