Tērbatas bīskapija, pirms tam saukta par Igaunijas bīskapiju (1211-1224) bija bīskapija Livonijas Konfederācijas sastāvā, kas pastāvēja no 1224. līdz 1558. gadam. Tā aizņēma mūsdienu IgaunijasTartu, Pelvas, Veru un Jegevas apriņķus.
Pirmais bīskaps bija Hermanis fon Bukshēvdens, Livonijas bīskapa Alberta brālis. Pirms tam jau 1211. gadā bija izveidota Igaunijas bīskapija un sākotnējais Igaunijas bīskapa krēsls atradās Lihulā Rietumigaunijā. 1224. gadā bīskaps saņēma valdīšanā zemes Dienvidigaunijā un savu sēdekli pārcēla uz Tērbatu. Bīskapijas valdījumā atradās galvenokārt ugauniešu apdzīvotās zemes. 1242. gadā bīskapa Hermaņa vadītos vācu krustnešu un ugauņu apvienotos spēkus uz Peipusa ezera ledus sakāva Novgorodas kņazaAleksandra Ņevska karaspēks (Ledus kauja).
Lietuvas-Livonijas kara (1262-1282) sākumā notika jauns krievu karaspēka uzbrukums (1262) Tērbatas bīskapijai. Iebrucēji sakāva bīskapijas karaspēku un nodedzināja Tērbatas pilsētu līdz pamatiem. Bīskaps līdz ar domkungiem patvērās pilī, kuras aplenkumu pārtrauca Livonijas ordeņa bruņinieku uzbrukums. 1268. gada februārī Tērbatas bīskaps Aleksandrs vadīja karagājienu pret Viruzemē iebrukušo krievu karaspēku un krita kaujā pie Rakveres.
14. gadsimta beigās par Tērbatas bīskapu kļuva Dītrihs Damerovs. Viņš bija Livonijas ordeņa pretinieks un kopā ar Lietuvu, Mēklenburgu un Vitāliešu brāļiem izveidoja koalīciju pret ordeni. Viņš pat lūdza Anglijas karali Ričardu II ņemt Tērbatas bīskapiju savā aizsardzībā. 1379. gadā ordeņa spēki iebruka bīskapijā, taču neguva panākumus. Konfliktā uzvarēja bīskapija un ordenis zaudēja tiesības prasīt bīskapiem piedalīšanos tā militārajās kampaņās.
16. gadsimtā pretenzijas uz bīskapijas pārvaldītajām zemēm izteica Maskavija un tas kļuva par vienu no Livonijas kara izcelšanās iemesliem. Cars Ivans IV pieprasīja bīskapijai maksāt lielus meslus 40 000 dālderu apjomā. Bīskapija sarunu ceļā centās samazināt meslu apjomu, taču bez panākumiem, tādēļ izcēlās karš. 1558. gadā krievu spēki ieņēma Tērbatu un bīskapija pārstāja eksistēt.