Naujoji savininkė Zyplių net nematė, nes nuolat gyveno Paryžiuje. Apie 1845–1855 m. pritrūkusi pinigų, dvarą pardavė Polocko gubernijos dvarininkui Jonui Bartkovskiui. Šis pasistatė naują dvarą netoli Lukšių ir pavadino jį Naujaisiais Zypliais. Vieta, kurioje pastatyti rūmai, vadinosi Palankiais – dvarininkas stengęsis taikiai sugyventi su vietos žmonėmis. Jonui Bartkovskiui mirus, dvaras atiteko podukrai Joanai Volfersaitei-Kučinskienei, kuri dvare negyveno ir į dvarą buvo atvykusi tik du kartus (statant ir šventinant bažnyčią).
Vėliau Zypliai atiteko Liudvikai Ostrovskienei, Naujuosius Zyplius pardavusiai grafui Tomui Potockiui, kuris 1891–1901 m. iš pagrindų pertvarkė dvaro sodybą – vienaaukščiams rūmams pristatė dviaukščius korpusus, sukūrė vakarinę parko dalį, nutiesė parką ribojančius kelius-alėjas.
Dvaro rūmai iki restauravimo
Apie 1897 m. nuo garo mašinos sudegė visi mediniai ūkiniai pastatai, vietoj jų buvo atstatyti plytų mūro.
Lukšių miestelio seniūno Vido Cikanos rūpesčiu 2002 m. pradėti dvaro tvarkymo ir atstatymo darbai. 2012 m. atidaryti restauruoti dvaro rūmai.[1]2014 m. buvusioje dvaro vežiminėje įsikūrė Zanavykų muziejus. Šiuo metu dvare eksponuojama daug meno dirbinių: paveikslų, rankdarbių, medžio, akmens skulptūrų, keramikos, kalvystės, stiklo dirbinių, vyksta koncertai, spektakliai, plenerai, stovyklos. Per metus dvarą aplanko apie 10 tūkst. svečių.
Dvaro pastatus supa 21 ha ploto parkas. Jame auga nemažai vertingų rūšių medžių: platanalapiai ir sidabriniai klevai, paprastieji ir raudonieji ąžuolai, baltosios ir balzaminės tuopos, europiniai ir Sukačiovo maumedžiai, juodosios pušys, sidabriniai kėniai, karpotieji ir plaukuotieji beržai, kalninės guobos, kamštiniai skirpstai. Parke išsaugotas nulūžęs 400 metų senumo Zyplių ąžuolas.
