Pradžioje jam teko dirbti valstiečių ūkiuose ir girininkijose. Tik 1949 m. jam atsirado galimybė vėl lankyti mokyklą, o brandos atestatą gavo 1952 m. R. Ekertas nuo 1952 iki 1957 m. Maskvos universitete studijavo rusistiką, slavistiką ir baltistiką. Nuo 1957 m. iki 1961 m. balandžio mokėsi aspirantūroje, disertacijos tema – „ǔ kamienai slavų prokalbėje“.
Apgynęs disertaciją grįžo į Vokietiją ir nuo 1961 m. gegužės iki 1979 m. rugsėjo pabaigos dirbo Leipcigo universitete, pradžioje asistentu ir vyresniuoju asistentu, o nuo 1969 m. – docentu. 1971 m. rugsėjį pradėjo eiti rusų kalbos ordinarinio profesoriaus pareigas. Nuo 1971 iki 1975 m. vadovavo Teorinės ir taikomosios kalbotyros skyriui.
1977 m. R. Ekertas išėjo habilitaciją baltistikos srityje, apgynęs disertaciją „Baltų kalbų vardažodiniai i kamienai, ypač atsižvelgiant į slavų kalbas“ (Die Nominalstämme auf -i im Baltischen unter besonderer Berücksichtigung des Slawischen).[1]
1989 m. Greifsvaldo universitete įsteigė baltistikos katedrą ir pasirūpino atitinkamos specialybės dėstymu. 1992 m. kovą R. Ekertas tapo pirmuoju baltistikos profesoriumi Greifsvaldo universitete. 1993 m. gegužę jis tapo Baltistikos instituto direktoriumi. 1996 m. gruodį išėjo į pensiją.
Nuo 1983 m. R. Ekertas yra Sodalizio Glottologico Milanese narys, nuo 1992 m. – Association for the Advancement of Baltic Studies narys. Laikinai ėjo Baltų-slavų santykių tyrimo komisijos prie Tarptautinio slavistų komiteto pirmininko pareigas, taip pat buvo Berlyno baltistų būrelio (Baltistenkreises zu Berlin) pirmininku.
Jochen D. Range: Rainer Eckert: Ein slavisch-baltischer Lebensweg. In: Aspekte baltistischer Forschung: [in honorem Rainer Eckert]. Essen: Verlag Die Blaue Eule 2000 (= Schriften des Instituts für Baltistik 1) ISBN 3-89206-929-8, S. 383—384 (Volltext)