Didžiąją dalį rajono užima Lydos plynaukštė, pietuose plyti Nemuno žemuma. Būdingas aukštis 140–200 m, aukščiausia vieta – 207 m (8 km šiauriau Lydos). Svarbiausios upės – Nemunas, Gauja, Žižma, Ditva, Lidzeja, Lebeda, Narva. 3,6 % ploto užima pelkės (Ditvos – 52 km², Dakudos, Žižmos). Miškingumas 24 %. Miškai dunkso daugiausia rajono rytuose (pušynai, eglynai, beržynai). Įsteigtas Dakudos valstybinis biologinis draustinis, saugoma Ostupo giraitė.