1660 m. pradėta statyti medinė koplyčia ir rezidencija. Nuo 1646 m. veikė jėzuitų įkurta keturklasė mokykla. 1664 m. atkurta. 1666 m. mokykloje pradėta dėstyti poetika, 1678 m. – retorika, 1725 m. – filosofija. Mokykla turėjo savo teatrą, orkestrą. 1702 m. mokykla pavadinta kolegija, tačiau faktiškai ja tapo 1761 m. Ji 1773 m. atiteko pranciškonams, 1806 m. tapo Kauno apskrities mokykla. 1819–1823 m. joje mokytojavo poetas Adomas Mickevičius (dabar yra jam skirta ekspozicija).
1666 m. jėzuitai pradėjo statyti mūrinę bažnyčią. 1668 m. sudegė pastoliai. Kunigo Pranciškaus Milvydo rūpesčiu bažnyčia pastatyta 1720 m., bokštai – 1725 m. 1732 m. gaisras nusiaubė kolegiją, vienuolyną, bažnyčią. Sugriuvo bažnyčios stogas, skliautai, bokštas. 1746–1751 m. atstatytas bokštas, 1752 m. suskliaustas laidojimo rūsys, išmūryti didžiojo altoriaus pamatai. 1753–1754 m. pastatyti 3 nauji mūriniai altoriai. Didįjį altorių 1753 m. marmuro imitacija papuošė meistras Jonas Kerneris.
1757–1763 m. skulptorius Antonis Dacratas (Datzrath) sukūrė lipdinių ir skulptūrų. XVIII a. antrojoje pusėje buvo 12 dirbtiniu marmuru papuoštų altorių (išliko 2). 1761–1768 m. pastatyti kolegijos rūmai. Bažnyčia 1787 m. perduota pranciškonams. Bažnyčia ypač nukentėjo dėl Napoleono armijos plėšimų 1812 m., todėl kurį laiką stovėjo apleista. 1821 m. nuspręsta bažnyčią atiduoti stačiatikiams. Imperatorius Aleksandras I išleido įsaką šią šventovę 1824 m. paversti cerkve, o 1843 m. jai suteiktas Aleksandro Neviškio soboras. Interjere pastatas ikonostasas, kurio centre, pagal K. Gukovskio sprendimą, įstatytas 1661 m. Florencijoje nutapytas paveikslas vaizduojantis Dievo Motinos mirtį. Šis paveikslas anksčiau kabojo Pažaislio vienuolyne. Matininkas G. Velikorodovas parengė jos plano ir fasado brėžinius. Bažnyčia 1824 m. suremontuota: pakeista dalis medinių konstrukcijų, perdengtas stogas, sutaisyti skliautai, sakykla. 1857 m. remontuoti bokštai. 1915 m. apgadinti bokštai, sienos, vidaus įrengimai.
Bažnyčia 1923 m. grąžinta jėzuitams. 1924 m. pradėtos laikyti pamaldos, įsteigta gimnazija. Pagal architekto E. Pejerio 1925 m. projektą virš dviaukščio vienuolyno rytinio korpuso 1928 m. pastatyti dar 2 aukštai. Prie bažnyčios 1930 m. įkurtas Lietuvos jėzuitų viceprovincijos centras. 1932 m. pailgintas ir paaukštintas vakarinis korpusas, 1931 m. pastatytos kino ir gimnastikos salės (projektus rengė ir darbus prižiūrėjo tech. Vsevolodas Kopylovas).
Po II pasaulinio karo vienuolynas ir bažnyčia uždaryti, pastatai paskirti bendrojo lavinimo ir technikos mokykloms, jėzuitų bažnyčia atiteko A. Mickevičiaus vidurinei mokyklai, kitoje dalyje įsikūrė Kauno miesto 4-oji vidurinė profesinė technikos mokykla.[1]1957 m. perdengtas bažnyčios stogas, pertinkuotos sienos. 1990 m. bažnyčia grąžinta tikintiesiems.
Architektūra
Bažnyčia vėlyvojo baroko stiliaus, stačiakampio plano, dvibokštė, su pusapskrite apside. Vidus 3 navų.
Į Rotušės aikštę atgręžtas bažnyčios fasadas profiliuotais karnizais ir laiptuotomis frizų juostomis skaidomas į tris tarpsnius. Vertikalumą ir vidaus erdvės organizavimą atspindi fasadą dalinantys dvibriauniai piliastrai. Centrinę pastato ašį ženklina dvibriauniais piliastrais ir pertrauktu pusapkritiminiu sandriku aprėmintos durys, virš jų, antrame tarpsnyje įkomponuotas aukštas segmentinis langas, puoštas polichromine tapyba ir įrėmintas siaurais dvibriauniais piliastrais. Trečiame tarpsnyje centrinę vertikalę vainikuoja pusapskritiminė niša, apvesta archivoltu su dekoratyviniu raktu. Ant piliastrų kompoziciniais kapiteliais iškeltas trikampis frontonas, kurio timpaną puošia keturlapio formos niša. Galutinai centrinę bažnyčios ašį užbaigia ažūrinis kaltinis kryžius.
Kampiniais piliastrais atskirti bokštai nuo fasado plokštumos atsiplėšia trečiajame tarpsnyje. Visi bokštų tarpsniai puošti skirtingų formų nišomis: pirmasis – tiesiais sandrikais dengtomis stačiakampėmis durimis ir kvadratine lango niša virš jų; antrasis – pusapskritimine niša; trečiasis – puspakritimine niša per pusę tarpsnio aukščio ir apskritimo formos aklina niša virš jos; siauras ketvirtasis – puspakritiminės ir apskritos formos nišomis, dengtomis grotelėmis; penktasis tarpsnis skaidytas aklinomis puspakritiminėmis nišomis ir vainikuotas barokiniais, išraiškingo silueto šalmais su skirtingais kaltiniais kryžiais.
Įdomu, kad siaurėjantys viršutinieji bokšto tarpsniai paremti kampiniais, 45 laipsniais pasuktais piliastrais, kurie iškelti ant suplotų voliutų. Monumentalią bažnyčios išvaizdą paįvairina šviesos – šešėlių žaismas, atsirandantis dėl kiliabriaunių piliastrų, nišų ir kitų plokštumą skaidančių elementų audinio.
Bokštai neįprasti savo planu – priekyje jie siauresni ir sukuria išlakumo, lengvumo įspūdį. Tuo tarpu šoninės bokštų kraštinės yra daug platesnės ir masyvesnės.
Iš šonų bažnyčią rėmina vienuolyno ir gimnazijos pastatai. Seniau statytus, pirmuosius pastatų tarpsnius vertikaliai skaido nuosaikūs piliastrai ir tarp jų išdėstyti aukšti stačiakampiai langai. Antruosius tarpsnius skaido beveik identiški piliastrai ir suporintų, mažesnių nei pirmuosiuose aukštuose, langų eilės.