항간에 떠도는 모종의 루머를 반박하자면, 기독교대한하나님의성회(이하 '기하성')에 편입되었다는 일부의 주장은 사실이 아니다. 정확하게는 홍승돈 전직 이사장이, 기하성 소속 정동균 목사에게 매각한 것이었으며, 정식으로 교단 산하 신학교가 된 것은 아니다. 이것이 사실상 기하성 교단에 편입된 것처럼 알려졌는데, 만일 기하성 교단에 정식으로 편입이 되었다면 웨스트민스터신학대학원대학교는 기하성의 직속 교단신학교로써 타교단에 소속되는 것이 제한받게 된다. 그러나 졸업생들은 대한예수교장로회 합동, 대한예수교장로회 합신, 대한예수교장로회 대신, 대한예수교장로회 웨신, 카이캄(KAICAM) 등에 각자 고루 분포되어 있으며, 특히 정인찬 총장은 본인이 총회장으로 역임 중인 국제독립교회연합회(WAIC)를 학교 내에서 홍보하기도 한다. 기하성의 정식 산하 신학교라면 발생하기에 어려운 일들이다. 다만, 단지 웨스트민스터신학대학원대학교의 현재 명예이사장으로 역임 중인 이영훈 목사를 통해 기하성의 전폭적인 물적, 양적 지원을 모두 받고 있어서 마치 교단에 편입된 것처럼 왜곡되어 보이는 것이다. 특히 2019년 11월 당시의 매각 사태에 대한, 이 학교 경기용인웨스트민스터신대원 졸업생들의 분노가 여전하다.
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