1982년3월 성 미카엘신학원은 4년제 대학 학부 과정을 운영하는 천신신학교로 개편하였으며, 초대 교장으로 이재민 박사가 취임하였다. 1986년10월 국내 및 국외의 특별 헌금으로 학생회관을 준공하였다. 1988년3월 사회복지학과를 설치하여 종합 대학으로 전환하기 위한 발판을 마련하였다.
1992~1994 : 성공회신학대학
1992년2월 천신신학교의 폐지와 동시에 성공회신학대학의 설립 인가를 획득하였다. 1993년3월 성공회신학대학의 초대학장으로 이재정 신부가 취임하였다. 1994년3월 현 사회과학부에 해당하는 종교사회학과와 현 영어학과에 해당하는 선교영어학교를 신설하였다. 1994년7월연세대학교와 협력대학관계를 위한 교류 협정을 체결하였다.
1994~현재 : 성공회대학교
1994년9월 성공회신학대학에서 성공회대학교로 교명을 변경하였다. 1995년3월 세계성공회대학협의회에 회원 학교 자격으로 가입하였다. 1997년3월 이재정 신부가 재취임하였다. 또한 신학도서관을 개관하였다. 2000년 4월 국내 대학으로는 처음으로 교내에 민주화 운동 자료관을 개관하였다. 2005년 성공회대학교는 학교의 중장기적 발전을 위해 노력하였다. 4월 본부 행정조직을 개편하여 팀제를 도입하고 직원 호칭제도 등을 변경하였으며, 같은 해 10월에는 교내 대학발전추진위원회가 2005~2014년 성공회대학교 장기발전계획 설명회를 진행하였다.
이 시기 성공회대학교는 국내외 다수의 대학 및 기관들과 교류 협약을 체결하여 교육 네트워크를 확장하였다. 국내에서는 상지대학교, 한신대학교와 함께 민주대학 컨소시엄을 구성하였으며, 원광디지털대학교와 교류협정을 체결하였다.
또한 구로구청, 매일경제TV, 한겨레신문사 등과 교류 협정을 체결하였다. 국외에서는 일본의 릿쿄 대학, 모모야마 대학, 폴학원 대학, 필리핀의 세인트루이스대학과 교류협정을 체결하였다. 또한 2000년 인도창 프로그램, 2004년 중국창 프로그램의 발대식을 진행하며 학부 재학생의 해외 교류 활동을 진흥하였다.
성공회대 총학생회는 2009년 초 4.2 동맹휴업 및 한대련 가입 건에 대한 총투표를 실시했다. 과반을 40명 정도 넘긴 학생들이 투표에 참여하고 그중 각각 80%, 70%를 넘는 학생들이 찬성투표해 총투표가 가결되고 성공회대 총학생회는 한대련에 가입했다.[3]
그러나 2009년 12월, 선거가 끝난 개표일 전날 밤 몰래 개표한 결과. 10표 남짓한 차이로 한대련 투표가 (정족수 미달로) 부결되는 것으로 나오자 선거인명부를 고치고 50여표를 더 넣어 가결시켰다고 한 내부고발자가 양심선언했다.[4][5][6]
부총학생회장은 선거인명부에 투표권이 없는 휴학생이 많이 들어있었다고 변명했지만 학교측은 순수 재학생만 포함된 명단을 학생측에 제공했다고 답했다.
12월 10일 양심고백 이후 12월 11일 부정선거 주범인 부총학생회장이, 12월 14일 총학생회장이 사죄했다. 1월 14일 1차 토론회를 열었고 1월 15일에 다른 부정선거 가담자가 양심선언을 했다.
학생사회 논의 결과 주범에게는 1. 부총학생회장 자격 박탈, 2. 학생회원 권리 박탈, 3. 공개적 방법으로 사과문 발표, 4. 교내봉사 120시간(한 학기 이내)의 징계가, 부정투표 가담 후 뒤늦게 양심선언을 한 내부고발자 2명에게는 교내봉사 20시간의 징계가 내려졌다. 총학생회장 등 다른 총학생회 집행부 구성원과 선관위원은 부정투표에 개입하지 않았고 찬성 25장/반대 25장의 부정투표를 한대련 투표에 한해 넣은 것으로 드러났다.[7]