섬식 승강장 1면 2선을 가진 지상역이다. 예전에는 섬식 승강장으로 더해 역 건물에 단선 승강장 1면 1선이 있어, 단선 승강장의 1번선이 하행선, 섬식 승강장 바깥쪽의 3번선이 상행선으로 되어 있었다. 섬식 승강장 안쪽의 2번선은 특급 등의 대피선으로서 사용되었지만, 2006년에 폐지되었다. 2006년 11월에는 지하통로와 3번선으로 건너는 복도가 사용 개시되어, 엘리베이터가 2기(역사로부터 지하통로로, 통로부터 승강장으로)설치되었다. 그 후 2007년 4월 22일부터, 2면2선의 지상 섬식 승강장이 되었다. 2011년 5월 24일에는, 큐슈신칸센 고가 바로 아래로 역사를 이전해, 2면 2선의 상대식 승강장이 되었다.
북쿠마모토 역의 2차 역사는 서양식 건축의 명작으로 평가가 높지만 2005년큐슈신칸센 카고시마 루트의 나머지 공사 중 같은 부지에 있던 재래선을 고상화하게 되어 해체할 것이 결정됐다.
이에 따라 쿠마모토시 주민을 중심으로 보존 운동이 일어났고, 그 결과 역사의 일부를 쿠마모토시 교통국북쿠마모토역 앞역의 역사로서 재사용할 것이 결정되어 2006년7월 1일에 역사 정면 부분이 이전 건축됐다.
역전은 역을 중심으로 방사상에 도로가 늘어나 역전에 찻집 등의 음식점이 몇 채 있다. 좌측은 파칭코 가게・창고・대형 맨션・현립 체육관을 대로 시가에 도달한다.
정면 대지에는 주택가, 우측에는 상점・경공업 공장이 줄선다. 역 뒤쪽은 구마모토 제분의 공장에 접해, 그 배후에는 이세리가와 강, 화원 지구의 주택가가 되어 있다.
역 가까운 곳에는 구마모토 현립 종합 체육관이 있다. 역에서 구마모토성까지 걸어 20분 정도로, 산책의 출발점이 되고 있다. 또 히고 54망고쿠 성주의 전국 다이묘 가토 기요마사의 보리사이기도 한 혼묘지 사의 참배길 입구도 근처에 있다.
