1996년 한국프로야구 신인선수 지명회의는 지역 연고를 바탕으로 한 '1차 지명'과 지역 연고 내 고졸 선수를 지명하는 '고졸우선지명', 지역 연고에 상관없이 지명하는 '2차 지명'으로 이루어져 있다.
※서울지역 1차 지명 우선권은 LG 트윈스에 있었음.
※이름에 가로줄이 그어진 것은 구단이 해당 선수에 대한 지명권을 포기했음을 의미함.
※서울 지역 지명 우선권은 OB 베어스에 있었음.
2차 지명 구단 순서는 1995년 리그 순위의 역순이다.
1996년 2차 지명은 선수를 무제한으로 지명할 수 있었던 마지막 회의이기도 했다.
※ 이름에 가로줄이 그어진 것은 구단이 해당 선수에 대한 지명권을 포기했음을 의미함.