운전 상에서 3번 선은 2번 승강장으로 분류되며 실제로 2번 선에 승강장은 없다. 일찍이 역 동쪽에 스미토모오사카 시멘트의 히코네 공장 (1996년 3월 폐쇄)이 있었기 때문에 오미 철도에도 스미토모오사카 시멘트나 기린맥주 등과 관련된 철도 화물 운송이 있었다. 그러한 화차의 취급을 위해 역 동쪽의 하행선에 접한 측선들이 있었다. (그 때문에 하행 방면은 제1장내, 제2장내 신호기를 가지고 있었다. 제1장내는 현재의 제1폐색신호기가 설치된 위치에 있었다.) 측선들은 모두 철거되어 현재 노반만이 남아있는 상태이다.
역의 하행 방향은 상하행 방면의 상호 회차선이 있었다. 이 회차선을 이용하여 이 역과 마이바라, 나가하마 등 고호쿠(湖北) 지구를 왕복하던 기동 열차가 설정되어있었다. 이 기동차 운행 계통은 태평양 전쟁 이전부터 운행되기 시작하여 일본국유철도 말기까지 계속 운전되었는데 히코네 연장 운행은 아침과 저녁에 각각 1회 왕복으로 이루어졌다.
1986년11월 1일에 신쾌속의 히코네 시종착 열차가 설정되어 이 회차선을 이용하여 제자리 회차하게 되었다. 이때 상행 1번선에서 하행 출발신호기를 신설하였다. 1989년3월 11일에는 신쾌속이 마이바라역까지 연장되어 회차선과 상행 승강장의 하행출발신호기가 모두 철거되었다. 2번선 (통과용 중선)은 다이아 혼란이 발생했을 시 화물열차와 회송열차 등의 대비푱으로 사용되고 있으며 상하행 어느쪽에서든 진출입이 가능하다.
섬식 승강장으로 1면 2선의 지상역이다. 근무 사원이 배치된 역으로 개찰구, 자동 발권기 1대가 존재한다. 자동 개찰기는 도입되어 있지 않다. 예전에는 국철 하행 홈 (현재 JR 히코네 역 2번 승강장)에 인접해 오미 철도의 상행 홈이 있는 상대식 승강장이었다가 고가화 당시 새로운 하행측 승강장이 정비되어 섬식 승강장이 되었다.
그 후 JR의 승강기 설치 공사에 맞추어 개찰이 분리되었다. 현재 사용하는 개찰구는 개찰 분리 전은 중간 개찰구로써 이용되어 온 것이었다.
차량기지가 인접해 있어 구식 전기 기관차ED14, 구식 전동차 등이 다수 보존되어 있다. 히코네성 축성 400주년 마쓰리의 일환으로써 같은 마쓰리의 개최 기간 중의 주말 기간과 축일, 황금 휴일 기간 (4월 29일] ~ 5월 5일)에는 차량기지의 일부가 '오미 철도 뮤지엄'으로써 공개되어 호평을 받자 다음 해에 차량기지를 전면 공개하게 되었다.
