해군잠수함사령부(海軍潛水艦司令部, R.O.K. Navy Submarine Force Command)는 수중전에 특화된 대한민국 해군작전사령부 예하 사령부로, 경상남도 창원시 진해구에 있는 진해 해군기지에 본부를 두고 있다.
1990년에 코리아다코마 조선소에서 돌고래급 잠수정과 독일으로부터 인수한 SS-061 장보고 잠수함으로 제5성분전단 소속 제57잠수함전대를 창설하였다. 제57잠수함전대는 1995년 10월 1일에 제9잠수함전단으로 재편성되었다.[1][2]
1997년 3월 2일, 제92잠수함전대가 창설되었다.[3]
2008년 10월 1일, 214급 잠수함인 손원일함과 안중근함을 인수하여 214급으로만 편성된 제95잠수함전대를 창설하였다.[4][5]
2015년 2월 1일 제9잠수함전단을 모체로 잠수함사령부를 창설하였고 초대 사령관은 윤정상 해군소장이 임명되었다.[6] 잠수함사령부는 미국, 일본, 프랑스, 영국, 인도의 뒤를 이어 6번째로 설립되었다.[7][8][9]
전단 소속 SS-062 이천함이 Tandem Thrust '99 연습에 참가하여, 현지시각으로 3월 26일 오전 11시 3분에 괌 남서부에서 제7함대 옛 기함인 USS 오클라호마 시티 (CL-91)를 격침시켰다.[4][10]
2017년 2월 1일, 제97잠수함전대가 창설되었다.[11]
2019년에는 홍범도함이 해군에 인수되었다.[12]