1826年の暮れに、ボナパルトと家族はヨーロッパに戻った。彼はドイツを訪れ、フィリップ・ヤコブ・クレッチマーに会った、そしてイングランドを訪問し、彼は大英博物館でジョン・エドワード・グレイに会い、知人オーデュボンと関係を新たにした。1828年、家族はローマに定住した。イタリアにおいて、彼は複数の科学会議の発起人であり、そしてまた講義を行い、アメリカおよびヨーロッパの鳥類学、博物学の他部門において幅広く執筆した。1832年と1841年の間に、ボナパルトはイタリアの動物についての研究『Iconografia della Fauna Italica』を発表した。また彼はイタリア種およびフィラデルフィアの緯度における鳥の比較を提示した著書『Specchio Comparativo delle Ornithologie di Roma e di Filadelfia』 (Pisa, 1827)を発表した。彼はナゲキバトおよびその近縁種を、妻にちなんでゼナイーダ (学名:Zenaida 和名:ハジロバト属)と考案した。
Revue critique de l'ornithologie Européenne (Brussels, 1850)
Monographie des loxiens (Leyden, 1850) in collaboration with H. Schlegel
Catalogue des oiseaux d'Europe (Paris, 1856)
Memoirs (New York, 1836)
In conjunction with M. de Pouancé, he also prepared descriptive catalogue of pigeons and one of parrots which were published after his death. Among his papers published are:
“Observations on the Nomenclature of Wilson's ‘Ornithology,’” Journal of the Academy of Philadelphia
“Synopsis of the Birds of the United States,” Annals of the Lyceum of New York
“Catalogue of the Birds of the United States,” Contributions of the Maclurian Lyceum of Philadelphia
Thomas, Phillip Drennon (2002年). “The emperor of nature: Charles-Lucien Bonaparte and his world. [Review of: Stroud, P.T. The emperor of nature: Charles-Lucien Bonaparte and his world. Philadelphia: U. of Pennsylvania Pr., 2000]”. Journal of American history (Bloomington, Ind.)88 (4): pp. 1517. 2002. PMID16845779
Stroud, Patricia Tyson - The Emperor of Nature. Charles-Lucien Bonaparte and his WorldISBN 0-8122-3546-0
Mearns, Barbara and Richard - Biographies for BirdwatchersISBN 0-12-487422-3