1936年、ヘルシンキに在フィンランド日本帝国公使館(フィンランド語: Japanin Suomen-lähetystö、スウェーデン語: Japans legation i Finland、英語: Legation of Japan in Finland)が開設され、酒匂秀一が常駐では初代となる在フィンランド公使に就任した。しかし、第二次世界大戦中の1944年、フィンランドが大日本帝国との国交を断絶してヘルシンキの帝国公使館も閉鎖された[1][3]。
1952年9月29日、来たる在ヘルシンキ日本国総領事館(フィンランド語: Japanin Helsingin pääkonsulaatti、スウェーデン語: Japans generalkonsulat i Helsingfors、英語: Consulate-General of Japan in Helsinki)の設置に先駆けて在外事務所が開設された[6]。同年12月26日、衆議院での議決により在ヘルシンキ日本国総領事館の設置が定められた[7]。