Il borgo rurale di Weißensee nacque intorno al 1230 sulla strada Berlino-Bernau-Oderberg (attuale Berliner Allee). Il nome deriva dal piccolo lago Weißer See che caratterizza la località. Gli abitanti erano perciò dediti al commercio e alla pesca.
Durante la guerra dei trent'anni Weißensee fu distrutto e successivamente ricostruito.
Nel XIX secolo lo sviluppo industriale ed edilizio dei dintorni di Berlino interessò anche Weißensee: è del 1804 l'allargamento della strada per Berlino, del 1859 la costruzione del cosiddetto "castello" (trasformato nel 1874 in centro di divertimenti e distrutto da un incendio nel 1919), del 1873 l'arrivo del tram da Berlino, del 1877 l'apertura dell'ippodromo (chiuso già nel 1912) e del 1880 del grande cimitero ebraico.
Nel 1905 il comune di Weißensee inglobò il comune rurale (Landgemeinde) di Neu-Weißensee (insediamento fondato nel 1872 e divenuto comune autonomo nel 1880), chiedendo l'attribuzione del titolo di città, che venne però rifiutato, nonostante lo sviluppo edilizio ed industriale ormai rilevante.
Weißensee non è servita né da linee metropolitane, né dalla rete S-Bahn. La linea tranviaria M4, che collega Weißensee con il centro della città, è anche per questo la più trafficata di Berlino.
