Fu inserito dalla prestigiosa rivista Science tra i dieci ricercatori più importanti al mondo per qualità delle pubblicazioni sull'argomento AIDS/HIV,unico italiano presente e figurando al terzo posto.[1]
Stefano Vella è anche coordinatore del progetto internazionale 'Neat' per la ricerca in Europa sulle terapie anti-Aids, finanziato dalla Commissione europea con 14 milioni di euro fino al 2011 ed al quale partecipano 18 paesi, è inoltre membro del Fondo globale per la lotta all'Aids, la tubercolosi e la malaria.
Nel 2017 viene eletto presidente dell'Agenzia italiana del farmaco, carica dalla quale si dimette volontariamente un anno più tardi in segno di protesta contro l'allora ministro dell'Interno Matteo Salvini.
È stato più volte invitato a parlare di salute globale all'interno di TED Talks nazionali ed internazionali ed è autore o coautore di oltre 350 pubblicazioni, in larga parte su riviste internazionali ad alto impact factor, tra cui: New England Journal of Medicine, Lancet, British Medical Journal, Annals of Internal Medicine, JAMA, Journal of Infectious Diseases. E’ revisore di numerose riviste internazionali, tra cui Lancet, Science, Journal of Infectious Diseases, Jama, PLOS, ed è membro di numerosi Editorial Boards, tra cui AIDS, Antiviral Therapy, AIDS, Journal of AIDS (di cui è co-editor). È stato revisore ufficiale dell’Edizione italiana del New England Journal of Medicine e membro del Board Editoriale dell'edizione italiana di Lancet.
