All'inizio degli anni sessanta il fabbricato viaggiatori originario, ormai inadeguato alle esigenze, venne sostituito da un nuovo moderno edificio, inaugurato nel luglio del 1963[1].
Strutture e impianti
Il piazzale della stazione, gestita da Rete Ferroviaria Italiana, è dotato di otto binari passanti di cui cinque provvisti di banchine e collegati tra loro tramite un sottopassaggio.
Poco oltre la stazione, in direzione Milano, sorge lo scalo merci e l'officina per la manutenzione dei rotabili, aperta nel 1905, dedicata ai mezzi a trazione elettrica e chiusa nel 1997 [2].
All'altezza del primo binario è presente una stazione della polizia di Stato, mentre nei pressi sorge il commissariato.
Da giugno 2018 a giugno 2019 vi effettuava fermata anche una corsa su due (con cadenza bioraria) della linea S40 della Rete celere del Canton Ticino, operante la tratta Como-Malpensa Aeroporto Terminal 2 via Varese[3]. Tale servizio era in carico alla società TiLo, che egualmente pone Gallarate come capolinea meridionale della linea S30 da e per Bellinzona/Cadenazzo (la quale tra il 2011 e il 2018 ha operato anche su Malpensa, prima del subentro della summenzionata S40). Da giugno 2019 il collegamento con Malpensa (divenuto giornaliero e a cadenza oraria) è garantito dalla linea S50 da e per Bellinzona (via Varese, Mendrisio e Lugano), sempre in capo a TiLo.