Il torrente nasce a sua volta dall'unione di svariati torrenti minori, tra i quali il più lungo è il Rio delle Tagliole (10 km), che sgorga sullo spartiacque appenninico dal versante nord del Monte Rondinaio (1.964 m s.l.m.), scendendo a valle in direzione nord-est dopo aver ricevuto gli emissari del Lago Santo (1.501 m s.l.m.) e del Lago Baccio (1.554 m s.l.m.), fino in località Ponte Modino, alla periferia sud di Pievepelago.
Nel Rio delle Tagliole confluisce poi da destra un corso d'acqua che porta già il nome Scoltenna, formato a sua volta dall'unione di due torrenti nei pressi di Fiumalbo, il rio Acquicciola che scende da destra raccogliendo le acque del bacino del Cimone e del Libro Aperto, e da sinistra il Rio delle Pozze (6 km), emissario del Lago Piatto (1.790 m s.l.m.), proveniente dallo spartiacque appenninico dell'Alpe Tre Potenze (1.940 m s.l.m.); il Rio delle Pozze, dopo il Ponte Picchiasassi di Dogana Nuova, raccoglie le acque del torrente Motte (5 km), proveniente dal Passo dell'Abetone, e diventa Rio San Francesco.
A Ponte Modino di Pievepelago lo Scoltenna, appena ricevuto da sinistra il Rio delle Tagliole, riceve da destra il breve rio Fossone che scende dall'Alpicella del Cimone (1.738 m s.l.m.), poi subito dopo, da sinistra, l'importante contributo del rio Perticara o rio di Sant'Annapelago (10 km): quest'ultimo nasce alle pendici del Monte Spicchio e per mezzo di un vasto ventaglio di rii e torrenti (rio di Valdarno, rio Fontanaccie che scende dal Monte Giovo (1.991 m s.l.m.), Fosso di Ca' di Guido, ecc.) drena tutta la vasta valle percorsa dalla strada che porta al valico della Foce delle Radici (1.529 m s.l.m.) ed al noto Santuario di San Pellegrino in Alpe (1.600 m s.l.m.), da cui, con suggestivo panorama, si domina la Garfagnana da una possente balconata a strapiombo sull'alto bacino del fiume Serchio.