Alla scomparsa di Marfisa la palazzina divenne sede dell'amministrazione Cybo fino alla metà del XVIII secolo; da allora cominciò un lento degrado dell'immobile, destinato per un secolo e mezzo a usi impropri.
Tra il 1910 e il 1915 la palazzina venne restaurata e anni dopo, nel 1938, divenne sede museale[2].
Le sale
L'interno è decorato da affreschi sui soffitti, in parte rifatti nel restauro del XX secolo, ed appartengono alla bottega del Filippi. Soprattutto le grottesche sono di notevole inventiva e raffinatezza. Il mobilio risale al XVI e XVII secolo ed è in parte ferrarese, in parte proveniente da acquisti sul mercato antiquario.
Sala delle Imprese
Sala delle Imprese (o Sala Rossa), con uno splendido soffitto del Bastianino che contiene, fra le altre figure, molte imprese di Francesco d'Este. Sono qui conservate alcune opere di notevole interesse: il presunto Ritratto di Marfisa d'Este, copia di un originale conservato a Mantova, il busto marmoreo di Ercole I d'Este, opera di Sperandio Savelli e l'altorilievo Madonna in trono con San Giorgio e guerriero orante della bottega dei Lombardi.
Loggetta dei Ritratti
Loggetta dei Ritratti: anticamente aperto verso il giardino, questo ambiente è dominato da un'elegante decorazione a grottesche, nella quale sono inclusi due ovali con i ritratti delle figlie di Francesco d'Este, Marfisa e Bradamante d'Este, ancora bambine.
Sala di Fetonte
Sala di Fetonte: una parete è occupata da un elegante lavabo in pietra scolpita del Cinquecento; su di un'altra parete si trova il Ritratto di Margherita Gonzaga, ultima duchessa di Ferrara e buona amica di Marfisa.
Sala dei Banchetti
Sala dei Banchetti: presenta l'arredamento tipico di una sala da pranzo. Sulle pareti si trovano scene di una Battaglia delle Amazzoni entro sontuose cornici alla sansovina intagliate e dorate. Il soffitto è il più complesso dell'intera palazzina, con vari scomparti divisi da motivi vegetali e contenenti le imprese di Francesco d'Este e scene delle Metamorfosi di Ovidio.
Studiolo
Studiolo: arredato con importanti mobili dei secoli XVI e XVII; sopra la porta d'ingresso si trova il Ritratto di Alfonso I d'Este.
Sala Grande
Sala Grande: l'elegante soffitto culmina al centro con un padiglione sostenuto da putti. Alle pareti due grandi credenze da sacrestia del XVII secolo.
Sala del Camino
Sala del Camino: dominata da un camino monumentale del XVI secolo, di ambito dei Lombardi. Sulle pareti si notano un pregevole Ritratto di gentiluomo della fine del XVI sec. e l'arazzo fiammingo Giuditta decapita Oloferne, del sec. XVII.
Fra i mobili, notevoli il cassone veneto in noce lumeggiato in oro e soprattutto uno stipo toscano del Cinquecento a forma di studiolo, con cassettini e piccole sculture. Su una credenza si trova il busto classico dell'imperatore Lucio Vero fanciullo.
La loggia e il giardino
Attraverso ciò che resta del grande giardino, si raggiunge la loggia affrescata a finto pergolato, anticamente usata come sede di concerti e piccoli spettacoli. Sembra che proprio qui sia stata rappresentata per la prima volta l'Aminta di Torquato Tasso.
Riguardo alla fontana, disadorna sino a quel momento, viene deciso nel 1951 di porvi il Putto (1935) di Giuseppe Virgili[3] poco prima acquistato dall'Amministrazione comunale di Ferrara. Necessitante di restauro già negli anni novanta, è soggetto ad interventi nel 1998 grazie al finanziamento del Lions Club Ferrara Host sotto la direzione dei Civici Musei Arte Antica[4]; nel 2006, grazie all'impegno del Garden Club di Ferrara, venne realizzata una copia, ad opera dello scultore ferrarese Maurizio Bonora, da porre sulla fontana mentre l'originale venne posto all'interno della Palazzina; solo nel giugno 2015 viene infine posta la targa a completamento del riposizionamento.
^Il restauro della Palazzina Marfisa nel I centenario della Cassa di Risparmio, Ferrara, 1938, dove si indica erroneamente Gustavo anziché Gualtiero Medri p. 11.
^Arianna Fornasari, Giuseppe Virgili - Prima ipotesi di catalogo completo, Ferrara, Liberty house, 2014
^Indicazioni tecniche sul restauro in Civici Musei Arte Antica - Ferrara, Dalle Chiese alle Delizie - un percorso di restauro, VIII Edizione del Salone dell'arte del Restauro e della Conservazione dei Beni Culturali e Ambientali, Ferrara-Fiere, 29 marzo - 1 aprile 2001, pp. 2, 15; Lions Club Ferrara Host, 50 anni di lionismo 1956-2006, Distretto 108Tb, Ferrara, 2006, p. 72, 80 e a p. 99 l'indicazione della conferenza del 16/3/1999 in onore allo scultore, relatore Ottorino Bacilieri.
Anna Maria Visser Travagli (a cura di), Palazzina di Marfisa d'Este a Ferrara. Studi e catalogo, Ferrara, Roma, Gabriele Corbo Editore, 1996, ISBN88-85325-62-9. Per le integrazioni bibliografiche, si veda AA. VV. Palazzina di Marfisa d'Este a Ferrara - Studi e catalogo (Corbo editore, Ferrara, 1996) in Lucio Scardino, Estro e accanimento - inediti scritti d'arte (1980-1996), Liberty house, Ferrara, pp. 31-32.