Ha esordito nel 1948, anche se ufficialmente (come membro della FIFA) nel 1954, e ha partecipato a quattro edizioni della Coppa d'Asia, ottenendo il terzo posto nel 1956. Non si è mai qualificata alla fase finale del campionato del mondo.
La Federazione calcistica di Hong Kong si affiliò alla FIFA nel 1954, ma già nel 1937 la rappresentativa di Hong Kong disputò il torneo interporto Hong Kong-Macao, una delle più antiche competizioni calcistiche giocate nel paese. In precedenza si erano svolti altri tornei interporto, tra cui quello Shangai-Hong Kong, risalente al 1908. La rappresentativa era composta all'epoca da cittadini di Hong Kong di etnia cinese ed espatriati occidentali, come nelle edizioni del 1935 e del 1937 del torneo interporto Shangai-Hong Kong. Un altro torneo interporto si disputava tra le rappresentative di Hong Kong e Saigon. Macao, Shanghai e Saigon non erano membri della FIFA né nazioni sovrane; Hong Kong e Macao si unirono alla FIFA rispettivamente nel 1954 e nel 1978. Tra i calciatori della Cina che parteciparono alle Olimpiadi del 1936 e del 1948 figuravano anche calciatori di Hong Kong, tra cui Lee Wai Tong.
Dopo la seconda guerra mondiale alcuni giocatori nati e cresciuti a Shangai come Chang King Hai e Hsu King Shing iniziarono a rappresentare Hong Kong. Nel 1949 Hong Kong tornò a disputare una partita, affrontando la Corea del Sud, e nel 1953 ottenne la prima vittoria, battendo per 4-0 proprio la Corea del Sud.
Dall'ingresso nella FIFA
Nel 1954 la federcalcio di Hong Kong si affiliò alla FIFA e la rispettiva nazionale iniziò a disputare incontri ufficiali. Nel 1957 Hong Kong partecipò al Torneo Merdeka con una compagine variegata, che comprendeva anche calciatori della nazionale di Taipei Cinese.
Hong Kong si qualificò a tre delle prime quattro edizioni della Coppa d'Asia, arrivando terzo all'edizione 1956. All'epoca i calciatori originari di Hong Kong giocavano con la nazionale di Taipei Cinese, che si classificò terza alla Coppa d'Asia 1960, mentre nella nazionale di Hong Kong giocavano i calciatori più giovani.
Durante le qualificazioni al campionato del mondo 1986, il 19 maggio 1985, Hong Kong colse a Pechino una storica vittoria contro la Cina nell'ultima partita del primo turno delle eliminatorie AFC del mondiale messicano. Per superare il turno la squadra avrebbe dovuto vincere, mentre alla Cina sarebbe bastato un pareggio. Allenata da Kwok Ka Ming (郭家明), la nazionale ospite riuscì nell'impresa di vincere per 2-1 grazie ai gol di Cheung Chi Tak (張志德) e Ku Kam Fai (顧錦輝) e a qualificarsi al turno successivo, dove fu eliminato dal Giappone.
Nel dicembre 2009 la nazionale di Hong Kong sconfisse il Giappone ai Giochi dell'Asia orientale ottenendo la medaglia d'oro. Il risultato suscitò grande entusiasmo nel paese e fu alimentato dalle successive vittorie della Coppa Long Teng, vinta da Hong Kong nel 2010 e nel 2011.
Nelle qualificazioni al campionato del mondo 2018 Hong Kong fu sorteggiato nel girone con la Cina e le partite casalinghe registrarono il tutto esaurito. La squadra ottenne quattro vittorie contro Bhutan e Bhutan, pareggiò senza reti per due volte contro i cinesi e perse le due sfide contro il Qatar.
Affidata alla guida del commissario tecnico britannico Gary White, la nazionale di Hong Kong si qualificò alla Coppa dell'Asia orientale 2019, ma già nell'aprile 2019 White lasciò il posto al finlandese Mixu Paatelainen, il cui contratto non fu rinnovato a causa dei cattivi risultati. Il posto del finlandese fu preso dal norvegese Jorn Andersen, che qualificò la squadra alla Coppa d'Asia 2023, dopo cinquantacinque anni di assenza della nazionale dalla fase finale del torneo; i risultati furono però deludenti, perché l'Hong Kong terminò ultimo in un girone contro Emirati Arabi Uniti, Iran e Palestina, segnando un solo gol contro gli emiratini.
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