Nel 1997 lascia il suo incarico societario per ricoprire il ruolo di presidente della neonata Divisione Calcio Femminile della Lega Nazionale Dilettanti. Giunge al terzo mandato e il suo ruolo sembra intoccabile, in quanto sta portando avanti una efficace politica di promozione del calcio femminile: rispetto al 1997, le squadre che partecipano ai campionati nazionali sono aumentate di oltre il 50%, mentre le tesserate sono aumentate del 120%, passando da un numero di 9.667 a circa 22.000.
«Tutto il movimento femminile candida alla presidenza della F.I.G.C. Natalina Ceraso Levati, la donna ideale per restituire trasparenza e onestà al calcio. Natalina è una gentildonna, sono convinto che se si creasse un fronte consistente cambierebbe idea.»
(Leonardo Marras - vicepresidente Divisione Calcio Femminile, 2006)
Nell'ottobre del 2006, in seguito agli scandali di Calciopoli, Gianni Rivera propose la candidatura dell'avvocato monzese alla carica di presidente della FIGC provocando un terremoto istituzionale. La sua carica presidenziale in Federazione è cessata nel 2009 con l'elezione di Giancarlo Padovan.