La sua carriera professionistica è iniziata tra le file del Peristeri, formazione della periferia ateniese con cui Pelekanos esordì in Eurolega, giocando le edizioni 2000-01 e 2001-02. Nel 2004 si trasferisce all'AEK Atene rimanendoci un biennio, prima di essere ingaggiato dal Panellīnios.
Il 2007 è l'anno del passaggio al Real Madrid, preludio ad un ritorno in patria con il contratto triennale da 2,1 milioni di euro firmato con l'Olympiacos. La stagione 2009-10 viene disputata in prestito al Maroussi, poi rientra alla casa base.
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