All'ascesa di suo padre al trono spagnolo come Carlo III ella diventò una Infanta di Spagna. Nata e allevata a Napoli, arrivò in Spagna con la sua famiglia nel 1759, all'età di quindici anni. Visse alla corte di suo padre ed in seguito con suo fratello Carlo IV di Spagna. Rimase nubile.
La Principessa Maria Giuseppina di Napoli e Sicilia nacque a Gaeta. Ricevé il nome della nonna materna, Maria Giuseppa d'Austria. Suo padre era stato Re di Napoli e Sicilia come parte di un'unione personale sin dal 1734. I suoi genitori si erano sposati nel 1738 e Maria Giuseppina fu la loro prima figlia a sopravvivere oltre i 5 anni di età. Quarto figlio dei suoi genitori, al momento della sua nascita aveva una sorella maggiore Maria Isabella Anna (1743–1749)
Nel 1759, con l'ascesa del padre al trono di Spagna, Maria Giuseppina assunse il titolo di infanta e di Altezza Reale. Nel 1768, morta la regina di FranciaMaria Leszczyńska, si pensò di darla in moglie al re Luigi XV, ma il progetto non andò a buon fine (Luigi XV rifiutò a causa della troppo giovane età della ragazza, che aveva allora 24 anni) e la principessa non si sposò mai: dopo la morte di Carlo III nel 1788, rimase a vivere presso suo fratello, re Carlo IV, nella corte di Madrid dominata dalla cognata, Maria Luisa di Parma, nipote proprio di Luigi XV.