L'inizio della sua carriera è stato caratterizzato dalla pubblicazione del Traité d'Anatomie topographique médico chirurgicale ("Trattato di medicina anatomia chirurgica topografica", Baillère 1844)[4].
Nel 1845 pubblicò Essai sur l'Histoire chirurgicale de l'Hôtel-Dieu de Lyon, depuis sa fondation jusqu'à nos jours.
Nel 1859 e in collaborazione con il dott. Soquet, medico dell'Hôtel-Dieu, scrisse Traité général de pratique des eaux minérales de la France et de l'étranger: in questo settore, Pétrequin fu un precursore nel lanciare l'idrologia medica in una nuova via.
Nel 1873 pubblicò un'opera di oltre 500 pagine, Nouveaux mélanges de Chirurgie et de Médecine che comprendeva i lavori sulla patologia dell'orecchio, l'idrologia medica e l'igiene pubblica.
Fu solo due anni prima della sua morte che apparve l'opera principale della sua vita, La Chirurgie d'Hippocrate: quest'opera in due volumi di oltre 1 200 pagine dimostrava che Ippocrate è davvero il padre della medicina, ma anche un grande chirurgo e che tali osservazioni erano state ingiustamente dimenticate.
