Nel 1622 si trasferì all'Università di Padova[1] per il dottorato. Nel 1623 rivestì la carica di Consiliarius[1] della nazione germanica presso l'università, alla quale erano aggregati anche i membri scandinavi. Nel 1625 lavorò per breve tempo a Siena, dopodiché tornò stabilmente a Padova, che divenne la sua seconda patria.[1] Sopravvissuto alla peste che imperversò nel 1630 e tenne chiusa l'università per due anni, gli fu offerta una cattedra di botanica nel 1632, abbinata alla gestione dell'orto botanico patavino; Rode tuttavia rifiutò e rimase Practicus.
La casa di Rode a Padova divenne un centro di attrazione per studenti danesi e altri studenti stranieri.[3] Mantenne una rete europea di amici e corrispondenti. Solo di lui sono sopravvissute 28 lettere ad Athanasius Kircher.[4]
Consigliato da Gabriel Naudé e beneficiando della sua vicinanza alla metropoli della stampa e del commercio librario di Venezia, costituì un'importante biblioteca privata. Nel 1631 elaborò un progetto per la costruzione di una biblioteca pubblica a Padova e fu tra i fondatori della biblioteca universitaria.[1] Nel 1634 divenne membro dell'Accademia dei Ricovrati, nella quale ebbe più volte la carica di censore.[1] Nel 1640 rifiutò la cattedra di fisica a Copenhagen.[1]
Rode scrisse istruzioni per lo studio della medicina con ampi riferimenti bibliografici, che inizialmente furono riprodotti solo localmente e furono resi noti a un vasto pubblico solo dopo la sua morte da Thomas Bartholin ed Hermann Conring.[5] Nei suoi scritti medico-storici rese accessibili agli studenti del suo tempo il De medicina di Aulo Cornelio Celso e il ricettario di Scribonio Largo[1] con un commento esplicativo.
La biblioteca privata di Rode fu ereditata da suo nipote, il professore di Copenaghen Thomas Bang (1600–1661).[7] Fu messa all'asta nel 1662 insieme alla sua biblioteca postuma.
La maggior parte dei suoi manoscritti era pervenuta a Thomas Bartholin, che avrebbe dovuto pubblicarli; tuttavia gran parte, compresa l'edizione di Rode del De medicina di Celso, già pronta per la stampa, bruciò assieme alla biblioteca di Bartholin in un incendio nel 1670.[8]
Le antichità archeologiche da lui raccolte in Italia furono acquistate dal medico Thomas Fuiren (1616-1674) per la sua wunderkammer; attraverso la sua donazione testamentaria pervennero all'Università di Copenaghen, che le espose nella Domus anatomica.[6]
De acia dissertatio ad Cornel. Celsi mentem, qua simul universæ fibulæ ratio explicatur, Padova, 1639, in-4°.
Observationum medicinalium centuriæ tres, Padova, 1657, in-8°; ristampato con la raccolta di Pierre Borel, Historiarum et observationum medico-physicarum centuriæ quatuor, Lipsia 1676 in-8°.
Mantissa anatomica, Copenaghen, 1661, in-8°, al seguito degli ultimi due Centuries anatomiques di Thomas Bartholin.
De artis medicæ exercitatione consilia tria, inserito da Thomas Bartholin in Cista medica, Copenaghen, 1662, in-8°, e ristampato con Introductio in universam artem medicam, da Hermann Conring, Helmstadt, 1687, in-4°.
Catalogus LX auctorum supposititiorum quo scriptores anonymi et pseudonymi complures manifestantur, in testa al Theatrum anonymor di Vincent Placcius, Amburgo 1674.
Observationes medicæ posteriores, in Acta medica Hafniensia, Copenaghen, 1677, in-4°.
^Vedi la raccolta pubblicata da Worm: Olai Wormii et ad eum doctorum virorum epistolae, 2 volumi, Kopenhagen 1751.
^Ole P. Grell, "Like the bees, who neither suck nor generate their honey from one flower": the significance of the peregrinatio academica for Danish medical students of the late sixteenth and early seventeenth centuries, in Ole Peter Grell, Andrew Cunningham e Jon Arrizabalaga (a cura di), Centres of Medical Excellence? Medical Travel and Education in Europe 1500–1789. (= History of Medicine in Context). Ashgate, Aldershot, pp. 171–189.
^John Edward Fletcher, A Study of the Life and Works of Athanasius Kircher, ‘Germanus Incredibilis’: With a Selection of His Unpublished Correspondence and an Annotated Translation of His Autobiography, Leiden, Brill 2011 ISBN 978-90-04-20712-7, pp. 327-.
Piero Del Negro (a cura di), Clariores. Dizionario biografico dei docenti e degli studenti dell'Università di Padova, Padova, Padova University Press, 2015.
(DE) Egil Snorrason, Der Däne Johan Rhode in Padua des 17.Jahrhunderts, in Acta medicae historiae Patavina, 14, Tip. del Bianco, Udine 1967-1968, pp. 85-120.