Gioacchino Ernesto nacque il 29 agosto 1595 a Sønderborg, come il secondo figlio maschio più giovane del Duca Giovanni di Schleswig-Holstein-Sonderburg ed Agnese Edvige di Anhalt. Da adolescente effettuò un Grand Tour, percorso didattico d'Europa, come era tipico per i giovani nobili in quel periodo. Questo giro lo porto nei Paesi Bassi, Inghilterra, Francia e Italia. Nel 1617 partecipò alla guerra di Gradisca. Quando suo padre, il primo dei cosiddetti abgeteilte Herren (duchi titolari che non sono stati riconosciuti dai proprietari terrieri locali), morì nel 1622, il ducato fu diviso fra i suoi figli maschi, risultandone cinque ducati ancora più piccoli. Gioacchino Ernesto ricevette Schleswig-Holstein-Plön. In aggiunta alla nuova città di residenza di Plön la sua proprietà includeva Ahrensbök e Reinfeld.
In occasione del suo matrimonio con la Principessa Dorotea Augusta (12 maggio 1602 - 13 marzo 1682), una figlia di Giovanni Adolfo di Holstein-Gottorp, Gioacchino Ernesto commissionò la demolizione del vecchio castello e fece costruire il Castello di Plön tra il 1633 e il 1636 come residenza e sede di governo.
Il 1º gennaio 1671, poco prima della sua morte, fu insignito a Copenaghen dal Re di Danimarca dell'Ordine dell'Elefante (122° portatore). Morì il 5 ottobre 1671 a Plön.
Famiglia
Gioacchino Ernesto e Dorotea Augusta ebbero sei figli:
