Geri Allen era nata a Pontiac, Michigan, il 12 giugno 1957, ed è cresciuta a Detroit. Suo padre, Mount Allen Jr, era un direttore scolastico, sua madre Barbara una funzionaria governativa. Ha iniziato a suonare il pianoforte all'età di 7 anni, scegliendo di diventare una pianista di jazz nella sua prima adolescenza.[2]
Allen si è diplomata nel 1979 dopo aver seguito il programma di studi sul jazz alla Howard University. Ha poi continuato i suoi studi con il pianista Kenny Barron a New York e all'Università di Pittsburgh, dove ha completato un master in etnomusicologia nel 1982. Il suo debutto discografico come leader risale al 1984, con l'album The Printmakers registrato in trio, con il bassista Anthony Cox e il batterista Andrew Cyrille; nell'album sono incluse alcune composizioni della stessa Allen. È stato l'inizio di un percorso discografico che l'ha vista come leader in circa 20 album, tra cui rimarchevoli dischi per pianoforte solo, collaborazioni con gruppi corali, ballerini e coreografi, e una serie di album con piccole formazioni che spaziano dal jazz acustico al funk.[3]
Nel 1995 si è sposata con trombettistaWallace Roney; dal matrimonio sono nati due figlie e un figlio, ma in seguito Allen e il marito divorziarono. Nel 1996 ha ricevuto il "Jazzpar Prize" e nello stesso anno ha registrato due album con Ornette Coleman: Sound Museum: Hidden Man e Sound Museum: Three Women.
Nel 2006, Allen ha composto "For the Healing of the Nations", una suite scritta in omaggio alle vittime e ai sopravvissuti degli attacchi dell'11 settembre. Nel 2008 le è stata assegnata una "Guggenheim Fellowship".[4]
Dal 2013 ha ricoperto il ruolo di direttrice del programma di studi sul jazz dell'Università di Pittsburgh.[5]
Muore il 27 giugno 2017, due settimane dopo il suo sessantesimo compleanno, a Filadelfia, Pennsylvania.
Il 2 marzo 2018 la rivista Musica Jazz le ha dedicato un esaustivo dossier, arricchito da immagini della pianista in vari momenti della carriera, intitolato:
"Geri Allen: con lei hanno saputo convivere tradizione e innovazione".[6]