Venne comunque eletto nel 1471, alla morte di Bartolomeo Gandolfi. Con l'appoggio del fratello Carlo, succeduto al padre nella signoria nel 1468, il vescovo iniziò a vessare i faentini con gabelle per la costruzione di una nuova cattedrale. Quando il fratello Carlo lasciò nel 1477 la signoria a causa di una malattia, Federico ottenne l'investitura imperiale e i diritti di successione per il nipote Ottaviano di cinque anni, nella speranza di insediarsi come reggente, e scavalcando così l'altro fratello Galeotto[1]. Galeotto, visti lesi i propri diritti, invase con alcuni mercenari alcune zone del feudo. Federico si armò e rispose all'attacco, riprendendosi alcune terre. Ma a Brisighella si fermò, visto che la popolazione non lo seguiva e fece ritorno a Faenza. Nel frattempo il papa e Girolamo Riario abbandonarono il vescovo Federico, scegliendo le parti di Galeotto. Il popolo si sollevò contro le angherie di Federico, che fu costretto ad allontanarsi di notte dalla città. Mentre si recava a Lugo, seguito dal fratello Carlo, i rivoltosi saccheggiarono il suo palazzo, spogliandolo del contenuto. I due si rifugiarono a Ferrara, mentre veniva richiesto a Federico, che si oppose, di lasciare la sua carica. Nel 1478 venne dichiarato decaduto.
