La società fu fondata il 24 aprile 1934 con il nome di Lahden Pallo-Miehet[1][2]. Nel 1939 disputò la sua prima stagione nella seconda divisione nazionale, dove ritornò nel 1958[1]. Nel 1963 con l'arrivo di un ricco sponsor ci fu il cambio di denominazione in Upon Pallo[2][3]. E nel 1964 la squadra vinse il suo girone di Suomensarja e venne promossa per la prima volta in Mestaruussarja, la massima divisione del campionato finlandese di calcio[2][3]. Alla prima stagione in Mestaruussarja, nonostante i 20 punti conquistati e la differenza reti positiva, l'Upon Pallo concluse al decimo posto e retrocesse in Suomensarja[3]. La permanenza in seconda serie durò un solo anno e nel 1967 era nuovamente in Mestaruussarja[3].
Nel 1969 venne meno lo sponsor principale e ci fu un nuovo cambio di denominazione prima in Palloseura Lahti-69 e poi nel 1974 in FC Kuusysi[2][4]. Nonostante il cambio di denominazione nel 1974 arrivò la retrocessione in seconda divisione, categoria in cui rimase per sette stagioni[4]. Nel 1981 venne promosso in Mestaruussarja e nel 1982 vinse il campionato per la prima volta nella sua storia[2][4]: dopo aver concluso la stagione regolare al sesto posto, vinse cinque delle sette partite della seconda fase, conquistando la vetta della classifica e il campionato. Sempre nel 1982 fece il suo esordio in una competizione europea, partecipando alla Coppa delle Coppe 1982-1983 in qualità di finalista della Suomen Cup 1981, persa per 4-0 contro l'HJK, e venendo subito eliminato dai turchi del Galatasaray[4]. Nel 1983 non seppe ripetere l'impresa dell'anno precedente, ma vinse la Suomen Cup, battendo in finale l'Haka per 2-0[4]. Grazie alla vittoria del campionato 1982, il Kuusysi esordì in Coppa dei Campioni nell'edizione 1983-1984, venendo però subito eliminato nei sedicesimi di finale dalla Dinamo Bucarest. Nel 1984 vinse il campionato per la terza volta, sconfiggendo il TPS nella finale scudetto[2][4]. Nella Coppa dei Campioni 1985-1986 il Kuusysi raggiunse i quarti di finale, rappresentando il più alto risultato raggiunto in una competizione europea: dopo aver eliminato gli jugoslavi del Sarajevo prima e i sovietici dello Zenit Leningrado dopo, nei quarti di finale affrontarono i romeni della Steaua Bucarest, che ebbero la meglio grazie alla vittoria per 1-0 a Lahti[2][4]. Nel 1986 il Kuusysi portò a tre il numero di campionati vinti, che salirono poi a quattro con la vittoria dell'ultima edizione di Mestaruussarja nel 1989[2][4]. Nella prima edizione della Veikkausliiga nel 1990, nonostante avesse concluso la stagione regolare al primo posto in classifica, perse la finale per il titolo contro l'HJK[2][4]. E nel 1991 vinse il suo quinto campionato, distanziando di un solo punto il Mikkelin Palloilijat[2][4]. Nelle due stagioni successive concluse il campionato nelle prime posizioni, ma poi crollò vistosamente fino a concludere la Veikkausliiga 1995 al tredicesimo posto, retrocedendo in Ykkönen[4][5].
Nell'autunno 1996, a causa delle reciproche difficoltà finanziarie, il Kuusysi si fuse con il Lahden Reipas, dando vita al Football Club Lahti, che mantenne la posizione in Ykkönen[4][5]. Negli anni successivi il Kuusysi continuò l'attività nelle categorie giovanili[4]. Nel 2007 il FC City Stars Lahti, attivo dal 1982, entrò a far parte della società FC Kuusysi[6], disputando il campionato di Kakkonen, terzo livello nazionale. Solamente nel 2011 la squadra assunse nuovamente la denominazione di Kuusysi, che tenne anche nel 2012[5]. Nel 2013, invece, la squadra venne iscritta al campionato di Kakkonen con la denominazione di Lahti Akatemia[5].
