Nell'agosto del 1911 fu accettato da Emiliano Zapata come governatore provvisorio dello stato di Morelos negli accordi tra Zapata e Madero nella riunione a Cuautla del 18 agosto 1911, accordi che non furono rispettati dal generale Victoriano Huerta e dal governo ad interim del presidente Francisco León de la Barra, per il fatto che Hay non fu installato come governatore.
Fu nominato generale di brigata con anzianità l'11 maggio 1913.
Partecipò alla Convenzione di Aguascalientes e fu uno dei suoi protagonisti. Nel dibattito per scegliere il presidente interno della Convenzione Hay e Antonio Irineo Villarreal erano i principali aspiranti ma nessuno dei due fu scelto perché dichiarati inaccettabili per gli Zapatisti. Il generale formò insieme ai generali Álvaro Obregón, Villarreal e Eugenio Aguirre Benavides, la delegazione inviata dalla Convenzione per consegnasse a Venustiano Carranza l'accordo che disponeva la fine del suo mandato come Primo Capo dell'Esercito Costituzionalista e Incaricato del Potere Esecutivo. Carranza rifiutò di accettare la cessazione delle funzioni e solo il generale Aguirre Benavides decise di ritornare alla Convenzione mentre gli altri diedero il loro appoggio a Carranza nella sua lotta contro la Convenzione.
Fu Deputato Federale alle XXVI (1912-1914) e XXVII (1917-1918) Legislature del Congresso dell'Unione.[1]
Insieme al presidente, fu il principale responsabile della politica estera del Messico durante questo periodo, che fu caratterizzato dal peggioramento dei conflitti in Europa. Il Messico simpatizzava con i governi di sinistra all'epoca, ma rappresentava un ragionamento strettamente in linea con il diritto internazionale e le disposizioni della Società delle Nazioni. Il Messico condannò quindi la rivolta del generale Francisco Franco contro il governo del Fronte Popolare della Seconda Repubblica spagnola nel 1936 e lo sostenne diplomaticamente durante la guerra civile spagnola. Il 29 marzo 1937, circa 807 persone fuggite dalle truppe di Franco all'ambasciata messicana a Madrid furono in grado di lasciare la Spagna sotto la protezione diplomatica. Nel giugno dello stesso anno, il Messico ricevette quasi 500 orfani di guerra spagnoli. Anche a Lev Trockij fu concesso l'asilo, arrivando in Messico il 9 gennaio 1937. Tra il 1937 e il 1938, anche le ferrovie messicane e l'industria petrolifera furono nazionalizzate, il che portò a una breve interruzione delle relazioni diplomatiche con il Regno Unito, che protestò contro gli interessi degli azionisti britannici. La risultante compagnia petrolifera statale Pemex esiste ancora oggi.
Dopo la fine della guerra civile spagnola, il Messico accettò altri rifugiati, il cui numero aumentò ulteriormente all'inizio della seconda guerra mondiale, poiché ebrei e antifascisti provenienti da Germania, Austria, Cecoslovacchia e Francia, alcuni dei quali andarono in Messico per chiedere asilo attraverso gli Stati Uniti. Città del Messico divenne un centro di emigranti europei durante questo periodo. I noti intellettuali di lingua tedesca in esilio messicano a quel tempo erano Egon Erwin Kisch, André Simone, Ludwig Renn, Leo Katz, Bruno Frei, Paul Merker e Bodo Uhse. Nel marzo del 1938, il Messico fu anche l'unico paese a presentare una protesta ufficiale contro l'annessione dell'Austria al Reich tedesco, prima della Lega delle Nazioni. Il diplomatico messicano Isidro Fabela emise una nota di protesta a Ginevra il 19 marzo 1938 per conto di Eduardo Hay. Anche solo l'Unione Sovietica protestò, ma solo contro i successivi alleati occidentali, che avevano già cancellato la Società delle Nazioni come un effettivo organo di mantenimento della pace. Il 5 aprile 1938, l'ambasciatore del Reich tedesco in Messico Heinrich Rüdt von Collenberg a Hay e, minacciando un possibile sviluppo sfavorevole delle relazioni economiche tra i due paesi, chiese il ritiro della nota di protesta, che fu rifiutata.
All'inizio della seconda guerra mondiale nel 1939, il Messico rimase ufficialmente neutrale. A causa del boicottaggio delle importazioni di petrolio da parte degli Stati Uniti e del Regno Unito causato dalla nazionalizzazione dell'industria petrolifera, il Messico esportò petrolio in Germania fino al 1940, nonostante tutte le differenze ideologiche. Fu solo sotto il prossimo governo del presidente Manuel Ávila Camacho che il Messico entrò in guerra dalla parte degli Alleati nel maggio del 1942.
Essendo Segretario degli Affari Esteri ricevette la condecorazione della Croce di Boyacá, nel Grado di Grande Ufficiale, del governo della Repubblica di Colombia e ricevette autorizzazione del Congresso dell'Unione per poter accettare e usare la stessa.
Era padre del dottore Eduardo Hay Sais, che in seguito divenne membro del Comitato olimpico messicano e coinvolto nell'organizzazione delle Olimpiadi del 1968 in Messico.
Sottosegretario all'Agricoltura e Promozione (1916);
Inviato straordinario e ministro plenipotenziario in Italia (1918-1923);
Inviato straordinario e ministro plenipotenziario in Giappone (1924-1925);
Inviato straordinario e ministro plenipotenziario in missione speciale per assistere alla celebrazione del Centenario dell'Indipendenza della Bolivia (1925);
Sottosegretario alle Comunicazioni e Opere Pubbliche (1927);
GUERRERO, Omar (1993) Storia del Segretariato degli Affari Esteri, capitolo VIII "Il Segretariato degli Affari Esteri durante i governi della Rivoluzione (1917-1940)"; Messico, Liceo Matías Romero di Studi Diplomatici, ed. Segretariato degli Affari Esteri, ISBN 968-810-452-3testo nel web[collegamento interrotto] nella Biblioteca Giuridica Virtuale del Liceo di Ricerche Giuridiche dell'Università nazionale autonoma del Messico, consultato il 15 gennaio 2010.