In seguito tornò molte volte in Iran, così come in Kenya, dove fu arrestato il 20 agosto 1990, a Malindi, poiché trovato in possesso di eroina,[3] venendo successivamente assolto dalle autorità locali. Agnelli fu inoltre prosciolto nell'autunno dello stesso anno dall'accusa di spaccio di stupefacenti.[4]
Nelle rare interviste concesse alla stampa, affermò di voler prendere le distanze dai valori del capitalismo e sostenne di volersi dedicare all'approfondimento della teologia.
La mattina del 15 novembre 2000 il suo corpo senza vita fu rinvenuto alla base del trentacinquesimo pilone del viadotto autostradale "Generale Franco Romano" della Torino-Savona, nei pressi di Fossano. La sua Fiat Croma, con il motore ancora acceso e il bagagliaio socchiuso, era parcheggiata a lato della carreggiata del viadotto sovrastante che attraversava il fiume Stura di Demonte.[5] La magistratura concluse presto le indagini formulando l'ipotesi del suicidio.
^In base alla legge n. 685 del 1975 riguardante la «modica quantità per uso personale». La sua posizione di inquisito era sorta da un'inchiesta su un giro di droga nella "Roma Bene" in seguito al decesso per overdose di eroina, avvenuto il 6 giugno 1988, di Ranieri Ferrara Santamaria, figlio di un noto avvocato capitolino, nonché amico dello stesso Edoardo. In seguito alla testimonianza fornita da questi (che comporta perfino l'ammissione della propria tossicodipendenza) al Giudice istruttore Stefano Meschini, e ai riscontri delle intercettazioni telefoniche di alcune conversazioni tra l'imputato e la vittima, vengono rinviate a giudizio trenta persone; tra queste ultime figurano i nomi di alcuni spacciatori, nonché di diversi appartenenti al mondo dello spettacolo e all'alta società romana, cfr. I droga-party della Roma bene, processo a 30 vip, Agnelli jr. prosciolto, in la Repubblica, 7 ottobre 1990. URL consultato il 20 agosto 2014.
Giovanni Minoli (a cura di), La Storia siamo noi: Edoardo Agnelli - L'ultimo volo, Rai Educational, Rai Storia. URL consultato il 22 ottobre 2012 (archiviato dall'url originale il 28 ottobre 2012).