La Cupa Moldovei 2006-2007 è stata la 16ª edizione della coppa nazionale disputata in Moldavia tra il 27 agosto 2006 (data del primo turno preliminare) e il 9 maggio 2007. Vincitore della competizione è stato lo Zimbru Chișinău, al suo quinto titolo.
Gli incontri di andata si sono disputati il 27 e 28 settembre 2006.
Gli incontri di andata si sono disputati il 18 e 19 ottobre mentre quelli di ritorno il 1º novembre 2006.
Gli incontri di andata si sono disputati il 7 mentre quelli di ritorno il 22 e 23 aprile 2007.