La Coppa del mondo di ciclocross 2008-2009, sedicesima edizione della competizione, si svolse tra il 10 ottobre 2008 ed il 25 gennaio 2009. I titoli élite andarono a Sven Nys e Hanka Kupfernagel, il titolo under-23 fu vinto da Philipp Walsleben mentre quello junior da Tijmen Eising.
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Donne élite
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Uomini Under-23
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