La Coppa LEN 2006-2007 è stata la 15ª edizione del trofeo assegnato annualmente dalla LEN. Le competizione si è aperta il 19 settembre 2006 e si è chiusa con la finale di ritorno giocata il 23 maggio 2007.
Il torneo ha visto la partecipazione di 41 squadre in rappresentanza di 23 federazioni nazionali.
Il titolo è andato ai russi vicecampioni uscenti del Sintez Kazan, alla prima affermazione continentale, che hanno superato nella doppia finale i croati del VK Šibenik.
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