Ha realizzato oltre 120 registrazioni, sulle principali etichette: BMG, EMI, Deutsche Grammophon, Philips, Sony, Erato e Teldec. Le sue registrazioni di Lied sono stati acclamati dal pubblico e dalla stampa, e ha ricevuto premi internazionali, tra cui il Orphée d'Or de l'Academie du Disque Lyrique, il Premio Edison, e altri. Ha preso parte al progetto di Ton Koopman e dell'Amsterdam Baroque Orchestra & Choir, per registrare opere vocali complete di Bach.
Prégardien è anche un educatore. Dal 2000 al 2005, è stato responsabile di una classe vocale, presso la Hochschule für Musik und Theater di Zurigo. Dall'autunno del 2004, è stato docente presso la Hochschule für Musik di Colonia. Tra i suoi allievi c'era Ulrich Cordes. Suo figlio, Julian Prégardien (1984), è anche lui un tenore.