Nel 1876, sempre a Trieste, viene nominato direttore del Civico Museo di Storia naturale, carica che mantenne per oltre quaranta anni. Nel 1903, Marchesetti viene nominato anche direttore dell'Orto botanico, il quale, una volta annesso al Museo di storia naturale, diventando in tal modo un'istituzione in piena regola, assunse al contempo una fisionomia moderna e un prestigio scientifico di primo livello[2]. In effetti, il botanico triestino curò particolarmente la flora della regione, selezionando le specie peculiari e inviando una scelta dei loro semi negli orti botanici più importanti d'Europa[3]. A lui, peraltro, è intitolata la Campanula marchesettii.
Parallelamente alla botanica, la sua attività di ricerca si rivolse anche all'archeologia, offrendo un contributo essenziale alle prime indagini sulla preistoria e sulla protostoria sia della Venezia Giulia che dell'Istria. Nel corso dei suoi scavi rinvenne, infatti, significativi reperti paletnologici (pietre, argille, metalli, ecc.) e paleontologici (resti di fauna) che sono ancora oggi conservati nei musei civici triestini, soprattutto nel Museo di Storia naturale di Trieste.[4]. In particolare, a Marchesetti si deve il primo contributo scientifico sulla storia dei castellieri[5], in seguito ad una serie di campagne di scavo e di ricognizione svolte, tra il 1883 e il 1892, nell'Isontino e in Istria[6], i cui esiti comparvero in numerose memorie pubblicate prevalentemente sul «Bollettino della società Adriatica di Scienze naturali»[7].
Non è un caso, del resto, che dei dodici castellieri presenti sul territorio di Duino-Aurisina il più noto di essi sia proprio il "Castelliere Carlo De Marchesetti"[8], a lui intitolato.
Appunti sulla flora egiziana, Museo Civico di Storia naturale, Trieste 1903.
Flora dell'isola di Cherso, in «Archivio botanico», 1930, vol. VI, fascc. 1-2, pp. 16–59 e 113-157.
Aggiunte alla bibliografia botanica della Venezia Giulia, in «Atti del Museo civico di storia naturale di Trieste», 1931, vol. XI, p.te II, pp. 217–356.
Note
^C. Marchesetti, Pel centesimo anniversario della nascita di Muzio de Tommasini. Discorso detto nella sala della Borsa, Tip. del Lloyd austriaco, Trieste 1895.
G. Bandelli – E. Montagnari Kokelj (a cura di), Carlo Marchesetti e i castellieri, 1903-2003, Atti del Convegno internazionale di Studi (Castello di Duino, 14-15 novembre 2003), Editreg, Trieste 2005.
A. Forti, Carlo de' Marchesetti (17 gennaio 1850 – 1º aprile 1926), in «Nuova Antologia», LI (1926), fasc. 1308, pp. 248–249.
E. Montagnari Kokelj (a cura di), Atti della Giornata internazionale di studio su Carlo Marchesetti, (Trieste, 9 ottobre 1993), Comune di Trieste, Ivi 1994.