Le fasi di qualificazione hanno avuto luogo tra il 4 settembre 1998 e il 29 marzo 2000 e hanno designato le otto nazionali finaliste. Tra queste è stata designata la Slovacchia quale nazione ospitante la fase finale.
Nei gironi di qualificazione le 47 rappresentative Under-21 partecipanti sono state divise in 9 gironi (7 gironi da 5 squadre e 2 da 6). Le vincenti dei nove gironi hanno poi disputato uno spareggio, con partite di andata e ritorno[1], con le migliori sette seconde di ogni gruppo (le composizioni degli otto spareggi sono state decise per sorteggio).
La fase finale in Slovacchia per la prima volta si è svolta in due gironi all'italiana, composti da quattro squadre ciascuno con partite di sola andata. Le due vincenti (Rep. Ceca e Italia) hanno disputato la finale del torneo il 3 giugno 2000, mentre le due seconde (Spagna e Slovacchia) si sono sfidate per l'assegnazione del 3º e 4º posto. Le semifinaliste si sono qualificate per le Olimpiadi di Sydney 2000.
Seconda classificata del Gruppo 9 e vincitrice ai play-off
17 novembre 1999
1 (1996)
AL'Inghilterra doveva giocare un incontro andata e ritorno contro la Jugoslavia, ma la partita d'andata che si sarebbe tenuta a Belgrado fu cancellata a causa di tensioni politiche; in alternativa si propose di disputare la partita a Lussemburgo, ma essa fu cancellata per motivi di sicurezza.[2] Si era dunque giocata solo la partita di ritorno al Mini Estadi di Barcellona, tenutasi il 29 maggio 2000 e vinta dagli inglesi 3–0.[3] BPur essendo la Slovacchia la nazionale ospitante, anch'essa ha dovuto superare i gironi di qualificazione e gli spareggi per poter accedere alla fase finale della competizione.
^Ad eccezione di Inghilterra e Jugoslavia che, dopo la cancellazione della gara di andata per ragioni di sicurezza, hanno disputato un'unica partita in campo neutro a Barcellona.