La sua fama di insigne giurista è dovuta principalmente al Lehrbuch des Pandektenrechts, manuale giuridico che costituisce il suo magnum opus e, al contempo, il manifesto della scuola della Pandettistica tedesca.
Il manuale ebbe un'eco straordinaria in Germania e questo successo fece sì che il Windscheid venisse chiamato a diventare membro della Prima Commissione per la Bürgerliches Gesetzbuch (la codificazione civile tedesca) dal 1880 al 1883. Il progetto di codificazione fu grandemente influenzato dal Pandekten, soprattutto nella parte generale.
Opere
Zur Lehre des Code Napoleon von der Ungültigkeit der Rechtsgeschäfte, Düsseldorf, 1847.
Die Lehre des römischen Rechts von der Voraussetzung, Düsseldorf 1850.
Die Actio des römischen Civilrechts vom Standpunkte des heutigen Rechts, Düsseldorf, 1856.
Zwei Fragen aus der Lehre von der Verpflichtung wegen ungerechtfertigter Bereicherung, 1878.