Nel suo libro del 1883 Die Anfänge der Kunst in Griechenland (Le origini dell'arte in Grecia), è stato il primo a suggerire che Creta era il centro della cultura micenea.
Altre note opere sull'antica Grecia di Milchhöfer sono:
Die Stadtgeschichte von Athen (1891); con Ernst Curtius (1814–1896).